齐齐哈尔大学应用技术学院的历史可以追溯到中国齐齐哈尔格迈纳尔职业技术学校，这个学校的名字源于国际SOS儿童村组织的创始人赫尔曼·格迈纳尔。1994年，该学校由国际SOS儿童村组织无偿投资232万美元，齐齐哈尔市政府和齐齐哈尔大学共同合作建立，起初是一所中等职业技术学校。
随着教育层次的提升，学校在1998年开始接纳高等职业教育的学生。1999年，齐齐哈尔大学职业技术学院与原有的中国齐齐哈尔格迈纳尔职业技术学校开始合署办公，共同推动教育发展。随着学院的不断发展和规模的扩大，2003年，原来的中国齐齐哈尔格迈纳尔职业技术学校更名为中国齐齐哈尔格迈纳尔职业技术学院，以适应更高的教育要求。
再进一步，2004年，齐齐哈尔大学职业技术学院也随之更名为现在的齐齐哈尔大学应用技术学院，标志着学院在高等教育领域取得了显著的进步和提升。这个转变体现了学院在职业教育领域的专业性和影响力持续增强。
学院在校生规模近2000人，设有信息与机电技术系、财会贸易系、艺术系、化工系、基础部。现有应用技术本科：计算机科学与技术、财务管理、市场营销等3个专业，高等职业教育：计算机应用技术、数控技术、文秘、国际商务、会计电算化、市场营销、服装设计与表演、环境艺术设计、视觉传达艺术设计、应用化工技术、分析检验技术等11个专业，共有专业教师66人，其中副教授以上职称占教师的总数53%。