1 综合性保护的原则。
2 全面保护与重点保护相结合的原则。
3 不同功能区采取不同保护措施的原则。
4 资源保护、恢复与合理利用相结合的原则。
5 保护与监测相结合的原则。
6 区内保护、区外建设的原则。
制度保护管理条例，做到以法治区
依据《
中华人民共和国自然保护区条例》、《
中华人民共和国野生动物保护法》、《吉林省自然保护区条例》等法律、法规、结合本区的功能与实际，制定《吉林龙湾自然保护区保护管理条例》，其中包括：
保护区的
自然环境和自然资源，由保护区管理机构统一管理。未经批准，任何单位和个人不得进入保护区内建立对自然环境与资源产生破坏影响的机构设施。
保护区内严禁狩猎、放牧、开矿、采伐树木和在野外使用明火等活动，实验区内限制一定数量的种植业。
有关单位确需在保护区范围内设置机构和进行科研、勘探、建设、资源调查等，应由保护区管理局签署意见，经上级单位审查批准后方能实施。
任何部门、团体和单位，与国外签署涉及到保护区的协议，接待外国人到保护区从事科学研究、教学实习、参观考察、拍摄影视等活动，必须征得保护区管理局和主管部门的同意。
在保护区内开展生态旅游，必须坚持以保护自然资源和自然环境为主的原则。
有关保护区的资料、电影、电视、图片、像册等的出版、发行，须经保护区管理局同意；凡涉及外事事宜的，须经省有关主管部门同意。
制定社区共管的管理的办法。
依据有关法律、法规、条例的相关规定制定入区管理规定及奖惩制度、功能分区管理规定、森林防火公约及巡护制度和开展生态旅游的游客须知等
规章制度。
强化保护管理站建设，落实保护管理责任制