主要是题型和难易度的不一样的。一般来说，公务员考试的难度和题量（型）较难和较多。事业单位考试的难度和题量（型）较易和较少。
公务员考试主要是考《行政职业能力测验》和《申论》，对于专业性较强的岗位会舍弃《申论》考《专业知识》，诸如警察的《公安基础》等。
事业单位考试主要是考《行政职业能力测验》或《公共基础知识》和《专业知识》，因为事业单位目前招考最多的工作人员主要是技术性的。《申论》涉及到的不多。
但是综合来看，两种考试的考察范围大同小异，特别是《行政职业能力测验》和《公共基础知识》之间的知识考察范围有所交叉。《行测》不外乎就是“数量关系、图形（演绎）推理、资料分析、综合常识”等；《公共基础知识》也有“数量关系、资料分析，综合常识”，唯一一点不同点的是，《公共基础知识》有时候会涉猎到“计算机基础知识、英语、写作”等。
《专业知识》的考试更侧重于与本岗位有关的基础知识，不会太难，但是很全面，一般考试的最后会有一个论述题。
参考资料：华图官网