《药师如来本愿经》中说：“东方过娑婆世界十恒河沙佛土之外，有佛土名为净琉璃，其佛号为药师琉璃光如来。”药师佛是东方净琉璃世界的教主，他以日光菩萨与月光菩萨为二大胁侍，化导救济有情众生。
药师佛悲心深切，在他行菩萨道时发起十二大愿，教化世界的苦难众生，护佑我们脱离疾病的苦痛，使身体康健、延长寿命，远离生命的灾难、障碍，解脱一切苦恼忧扰。
药师如来不仅能医治我们身体上的病痛，同时也能医治我们的心灵疾病，医治我们智慧上的不圆满以及悲心的不圆满。药师佛了解众生可能一开始无法直接感受他深切的悲愿，所以藉由先医治好众生病痛的因缘，再医治众生的心。
广义而言一切诸佛都是大医王，能医治众生一切身心的烦恼与痛苦，而药师佛特别以医药济助众生而著名。
就平等义而言，诸佛都是来救助并医疗众生的无明、烦恼病，是众生身心最究竟的医疗者，他们不只能帮助众生断除身心的病相，还要根除病的根源，进而使众生得致安乐的境地，成就无上菩提，如同佛陀一般能够具足大力大用，成就金刚之身。不仅使一切众生去除所有杂染、具足众善，还要断除一切因果的缠缚，成就一切智慧。让我们能够亲身成证生命的实相，成证究竟圆满的生命境界。
在身体方面，帮助我们建立佛身的三十二相八十种好，种种微妙庄严的佛身，让我们身心得到究竟的利益，自受用、他受用得到究竟利益，自觉觉他得到究竟利益。
依这个立场而言，十方诸佛皆是大医王，我们未成佛之前都是蒙受佛陀照顾的病人；一切佛法都可以说是药师佛法门，这是从法性中来显现的广大缘起。
然而，就单一特殊的缘起意义来看，药师佛就是药师佛，药师法门就是药师法门。药师佛是十方诸佛中的一尊，在对众生平等无边的救济中，他与人间特有的病相特别相应，示现世出世间对众生的现前救济。
药师佛法门有其特殊的相应性，由于众生是染污、有病，所以药师佛特地来救度，他不只救济我们生存在世间的身体上的痛苦，而且还要救济我们趣向于菩提大道，来成证佛果。所以药师佛是施予众生世出世间的圆满救济。圆满救济的结果就是根除身与心的染污，所以是光明、清净的，就如同琉璃光一般地光明，代表着世间相中染污的断除，而药师佛的清净琉璃身正代表了凡夫心杂染去除的显现，也代表了世出世间的圆满、大菩提道的成就。
药师琉璃光如来的清净琉璃光明炽燃，此是成就世间光明的清净，亦是成就出世间光明的清净，是世出世间的圆满，是大菩提道的圆满，所以他的净土世界是净琉璃所成的世界。