在完成任务过程中，卡卡西发动万花筒血轮眼并精力消耗过多而住院中，于是暗部的大河代替卡卡西带领七班执行任务，与此同时，在木叶长老的要求下，暗部中的“根之忍者”佐井加入了鸣人班，“根之忍者”的主任团藏是反对三代火影的激进派。小樱和鸣人都很排斥他。他们根据蝎临死时的线索去和大蛇丸身边的晓的间谍接头，发现这个间谍原来是兜，但是兜却称他已经忠于大蛇丸了。中途众人的身份被大蛇丸发现了，于是大家和兜、大蛇丸进行了一场激斗。
最后佐井和大蛇丸一起去了他的老巢，鸣人和大家以为佐井是受了团藏的秘密任务和大蛇丸秘密接头，背叛了木叶。大河的分身也跟踪找到了这个地方，大家都进入大蛇丸的老巢，抓到貌似背叛了的佐井，佐井被鸣人感动，决定帮助鸣人一起把佐助带回木叶，佐井走后，大河和小樱发现了佐井的画册，并知道原来佐井的任务并不是背叛木叶和大蛇丸接头，而是为了木叶的安全去杀死佐助，但他们还是以为佐助还是想杀掉佐助。这时他们都赶到了佐助的房间，见到了佐助，可佐助却丝毫不为之动容。并且说和以前没关系了，上次没杀鸣人是因为不想按鼬的话来做的“心血来潮”，这次也要“心血来潮”杀了鸣人，说着毫无犹豫地欺身到鸣人跟前拔刀刺向鸣人……
这时佐井用刀挡住了佐助，但在佐助的千鸟流面前，大家都中招倒地，大河更被贯穿查克拉的剑刺伤。九尾在鸣人体内诱惑鸣人解除封印，释放出它的力量，鸣人拒绝，正在这时，佐助竟然看到了九尾，这就是写轮眼的力量？九尾也打量着佐助，称佐助的眼神和它曾经遇到的宇智波班(新出现人物)一模一样。佐助呲之以鼻，鸣人责问佐助为何如此，佐助称不管是他还是大蛇丸的力量都对付不了鼬，如果他成为大蛇丸的容器能杀死鼬报仇的话，怎么样他都无所谓，听到这里，大河准备认真对付佐助，佐助也想用他新的力量，可这时大蛇丸阻止了佐助，称以他们现在的力量对付不了晓，不如留下鸣人他们分散晓的力量，佐助这才放弃，和大蛇丸一起离开
回到木叶后，佐井继续留在七班，并让团藏保留他“佐井”这个名字（因为这个名字是为了执行这次任务才临时取的）。并开始学习人际关系（汗），想和鸣人他们和睦相处。七班一起去看望了医院中的卡卡西，把佐井介绍给了卡卡西，卡卡西决定训练鸣人新的技术，是“性质变化”的技术。在训练时要求鸣人用影分身，这样在一个星期之内可以将别人几年才能学会的技术学会，而这期间也需要唯一能抑制九尾力量的大和帮忙。
与此同时，晓的成员还在积极收集尾兽，先后又有二尾、三尾落入他们手中，木叶的火之寺也遭到飞段、角都、绝的洗劫，十二守护忍之一的住持牺牲。同时阿斯玛到三代墓前祭祀，这里揭示了他十二忍以及三代儿子的身份。而鸣人经过测试知道自己的属性是风，于是向同属性的阿斯玛请教修练技巧，得到阿斯玛的指点，受益匪浅，继续修练。而钢手也集合包括阿斯玛、鹿丸在内的新编制小队，参与追捕洗劫火之寺的晓成员。
鸣人终于能够用风属性割开叶子，卡卡西让鸣人继续练习割开瀑布，大和制造出瀑布让鸣人练习，这个的困难的练习让鸣人花了不少时间，晚上，毫无进展的鸣人辗转反侧，回想到佐助现在的状况，不由起身继续练习，第二天，卡卡西发现鸣人已经练习成功了。。。
阿斯玛带领的小队抵达了火之寺，却没有找到地陆的尸体，同行的和尚告诉阿斯玛，地陆的人头值三千万两，所以应该是晓成员用地陆的尸体交换悬赏了，并提醒和地陆一样同是“十二守护士”的阿斯玛小心，阿斯玛轻松笑到，自己的脑袋比地陆还多值五百万两，是不会容易就束手就擒的。只有鹿丸看在眼里知道阿斯玛心里并不轻松。之后阿斯玛下令分几个小队进行到黑市交易点，自己和鹿丸组成的小队赴最近的交易点追踪晓和地陆尸体。。。
练习完后，卡卡西请（实际上最后卡卡西以他的“好口才”让大和请了）鸣人吃拉面，并告诉他之后会有新的练习。练习中，卡卡西告诉鸣人“螺旋丸”的秘密，这是四代未完成的术，四代创造的当初是为了结合自己的属性将“形态变化”和“性质变化”结合而创造的，但是却没有成功。卡卡西也是，他虽然也会“螺旋丸”，并且会“雷切”，但是却无法将螺旋丸和雷切结合。卡卡希望鸣人完成这个四代也无法完成的术——甚至是根本不可能完成的术，并且相信鸣人能够完成。受激励的鸣人继续投入练习中。。。
阿斯玛带领的小队抵达了火之寺，却没有找到地陆的尸体，同行的和尚告诉阿斯玛，地陆的人头值三千万两，所以应该是晓成员用地陆的尸体交换悬赏了，并提醒和地陆一样同是“十二守护士”的阿斯玛小心，阿斯玛轻松笑到，自己的脑袋比地陆还多值五百万两，是不会容易就束手就擒的。只有鹿丸看在眼里知道阿斯玛心里并不轻松。之后阿斯玛下令分几个小队进行到黑市交易点，自己和鹿丸组成的小队赴最近的交易点追踪晓和地陆尸体。。。
练习完后，卡卡西请（实际上最后卡卡西以他的“好口才”让大和请了）鸣人吃拉面，并告诉他之后会有新的练习。练习中，卡卡西告诉鸣人“螺旋丸”的秘密，这是四代未完成的术，四代创造的当初是为了结合自己的属性将“形态变化”和“性质变化”结合而创造的，但是却没有成功。卡卡西也是，他虽然也会“螺旋丸”，并且会“雷切”，但是却无法将螺旋丸和雷切结合。卡卡希望鸣人完成这个四代也无法完成的术——甚至是根本不可能完成的术，并且相信鸣人能够完成。受激励的鸣人继续投入练习中。。
结果阿斯玛遭遇角都、飞段……晓的恐怖尽显无余，阿斯玛战死……晓二人受老大召唤，撤退……
鸣人依旧在修行新忍术……
“晓”组织开大会……老大“零”向所有与会的同志告知了自己的目标——征服世界……大家顺便封印了捉来的二尾和三尾～～会后，角都、飞段二人重回木叶，去找九尾～～
鹿丸、丁次、天天、卡卡西组成一个小组去找角、飞二人报仇！鹿丸IQ大爆发！成功破解了角都的诅咒之术。但是体力不支，情况吃紧……卡卡西方面情况不妙！角都这个怪物极其变态，拥有5个心脏，可以使用所有四大属性的忍术。这个家伙曾经和初代火影交过手，实力超群（角都可以把别人的心脏据为己有，简直是不死之身……）眼看卡卡西众人命悬一线之际……鸣人、大和、小樱、佐井参上！！！！风遁螺旋丸修练初成！！最后飞段被鹿丸杀了,角都也死了.鹿丸去阿斯玛坟墓前，向红承诺（红怀孕了）以后他来教育阿斯玛和红的孩子。
木叶那边得知了佐助杀掉了大蛇丸，但鸣人也知到佐助不会回来．．．．．．（为了杀鼬）
于是第七、八班展开了搜索佐和晓的活动
佐助为了杀鼬和香磷、重吾、水月他们成立了"蛇”小分队，开始搜索晓
晓那边也知到了大蛇丸死了
于是三股势力就开始行动了
首先佐助与迪达拉与阿飞小队相遇，佐助与迪达拉单挑，还未结束，不过佐助命悬一线,查克拉用尽,迪达拉使用自暴,迪达拉是死了.神秘的阿飞情况不明,佐助利用万蛇脱身,但是万蛇死亡,过程相当精彩啊
另外晓的零与玉终于出场,零为雨忍村,但是与四代长的超像,玉亲自出马抓九尾,不知鸣人命运如何 。
那个黑影是晓组织真正的老大，扮成后来的阿飞，真名字叫宇智波斑，那个超级厉害的能和初代火影对抗的宇智波族的天才。就是终结谷的两座石像之一。
鸣人他们也依靠着牙的嗅觉和自己的影分身搜索。鸣人竟然遇到了鼬，鼬说不是为了捉他来，问为什么对佐 助那么执著，鸣人回答：“因为与你比起来，我更把他当兄弟” 鼬吃惊，然后化做乌鸦消失了。在一个黑空间中，鼬和佐助见面。佐助打中了鼬，鼬说他比以前厉害了，可是还是幻觉，告诉佐助独自到宇智波大宅来解决恩怨，香磷、重吾、水月随后赶到了。
木叶，自来也向纲手说要独自去调查哓的基地，他们去喝酒，临别时，纲手让他小心，聊起过去，波风皆人是自来也的徒弟,波风皆人又是卡卡西的师傅.在给卡卡西做师傅时就非常厉害,因为有着金色的头发,故有"金色闪电"之称.成为火影后,被称为有史以来最有天赋的火影,是十年难遇的天才! 他就是鸣人父亲
旋涡玖辛奈是来自涡之国的女忍者，一个红头发的女孩，性格像是一个说话很粗野，像个“男孩”的“女孩”也是鸣人的母亲。
自来也到达雨忍村，那里是哓秘密基地。他假装开旅店，套两个雨村忍者话，知道了山椒鱼半藏过去雨的老大被佩恩杀了，木叶三忍是”山椒鱼半藏“封的。以生命的意义去封。 但被晓老大知道他打算找出潜伏的自来也。
鸣人的分身找到佐助可是被佐助打散了，但他们逐渐靠近佐助小队了。
宇智波斑感叹佐助这次会变成怎样。小南与变身潜入基地的自来也见面，小南和他是故交，应该是自来也的徒弟，佩恩换了个躯体，他也认识自来也...？
原来小南是自来也的徒弟,自来也本以为她已经死了,现在却被雨忍称呼为天使大人,长门以及弥彦（他们三个一直在一起的）也是他的徒弟,传言也死了。他们是自来也曾经从大蛇丸手中救出的孩子。（大蛇丸本想杀了他们）小南他们小时候第一次出现在三忍面前是他的父母都在战争中去世，弥彦问三忍要食物的,确定三忍不是坏人。然后他叫小南和长门出来。其实他们是为了向三忍学习忍术的。小南用纸头折了一朵花。自来也收留了他们，他们一起吃饭，聊天......弥彦说讨厌下雨，发誓要保护大家。
后来出事了，岩隐的中忍在抢劫弥彦和长门时反而被长门杀害了，自来也在小南的带领下，赶去一看，和长门也受伤趴着，长门一抬头，自来也看见了波纹的眼睛(就是佩恩的眼睛)。自来也猜测难道.....
回到现在，从他们的对话中得知：九尾不是天灾，而是宇智波一族的创始人宇智波斑召唤出来的，宇智波斑就是晓的阿飞。
开始战斗，自来也发现佩恩是能够在那6具身体间自由更换。蛤蟆健招出后 ，自来也[使用仙人模式!!] ，蛤蟆健[难道你…….,要召唤那两位大仙人!]，一阵子的攻防转换。 自来也和蛤蟆健处于下风中。在佩恩攻击之时自来也突然消失了。 黑暗中的对话.自来也的仙人模式发动
佩恩使用召唤术攻击，看起来长得很像是犬或鸟的神明出现了，佩恩停止了自身的忍术攻击，自来也陆续召唤出两大仙人。两大仙人的实力初露，非常的厉害，带有生物感知的束缚，并能够放出有腐蚀性的唾液，让佩恩的隐形召唤兽迅速的显形，然后使用强力的切割效力的术将其一分为二，而且配合很默契，没有给佩恩任何做反击的机会就搞定了那个隐形召唤兽。 预言之子这个字眼第一次从左边那个蛤蟆仙人的嘴里说出来，显得佩恩的身份更加的特殊。这也使得自来也不由的回忆起对于他来说最不可思议的一次奇遇-----妙木山。大蛤蟆仙人的预言，其实人都想知道自己的命运但又害怕自己知道了自己的命运，真的很矛盾。当知道整个忍界的变革方向决定在自己的抉择的时候，一个沉重的责任压了下来，而且这个抉择是没能够预言的，必须自来也自己去抉择。一个关于他和他将来的徒弟之间的重要的选择无法逃避。而且大蛤蟆仙人的梦的预言是很准确的，因为大蛤蟆仙人在很早前就做了一个他自己的梦，预言他将遇到自来也，并给自来也预言。
从回忆里转到战斗场面，看来是自来也做出抉择的时候了，那个预言之子真的是佩恩吗？仙人模式将要全力开动了，接下来将是激烈的对攻战，佩恩仍然只使用通灵之术，同样是是双掌相合，没有使用血，没有结通灵的土之印，没有做手放出通灵符文的动作，直接召唤出来，而且这次通灵象大蛇丸的秽土转生一样通灵了两个人类，而且不用使用容器。两人激烈战斗，两大仙人运用声音幻术，自来也搞定了好几个佩恩的身体。但是，突然佩恩出现攻击断了自来也的左臂，然后又出现了三具新身体。佩恩又把三具被自来也杀了的尸体复活了，六具身体又一起出现。自来也最终被割到喉咙。自来也终于知道了佩恩的真面目，他想告诉老大，可是说不出。
然后，开始回忆以前与四代聊天的时候，旋涡玖辛奈正好怀孕，四代就用自来也小说中主人公的名字来为儿子取名字。以及自己人生的过往道路，与大蛇丸的，纲手的等等。他用最后的力量召唤出蛤蟆，让它去向鸣人传承自己的意志，鸣人就是“预言之子”。
另外，蛇小队中除佐助的其余三人被鬼鲛拦截，鼬与佐助两人在宇智波地下室见面。
鼬轻易地被佐助刺穿了，兄弟二人的攻防，佐助刺向鼬 鼬实际上一步都没有动，鼬在椅子上俯视佐助，鼬被佐助从后面刺到 ，佐助也使用幻术。佐助惊人的成长占了上风！？
其实绝一直藏在边上看战斗，兄弟两人根本站在那里什么也没动，是在应用幻术。
鼬其实没有受伤，然后开始述说真相：
过去斑有个兄弟，是个弟弟，两人从小就为了互相提高能力而不断竞争着。接着这两人的写轮眼都开眼了。不知道什么时候起，两兄弟的名字在一族中成为了特别的存在。两人为了追求更高的瞳力成长而竞争，两兄弟……终于万花筒写轮眼也开眼了。这是宇智波一族创建以来的故事。接着，兄弟两人用这瞳力统治宇智波一族，作为哥哥的斑成为了族长。但是……一直以来都很健康的斑的身体开始出现了某种异样。原因是，万花筒写轮眼是很特别的，越使用它就会越被封印，最终会走向完全的黑暗，即双目失明，这是万花筒写轮眼的一个秘密。这是万花筒写轮眼的末路，得到强大的瞳力和力量……其代价就是这力量会自我封印，失去光彩。斑为了取回曙光用尽一切办法，可是没有一个是有效果的。他彻底绝望了。然后，被万花筒写轮眼诅咒的斑为了追求光芒而……夺走了自己亲生弟弟的双眼。斑，得到了新的曙光。而且，这双眼睛没有再次面向黑暗。"永远的万花筒写轮眼……"弟弟的眼睛因为获得了新主得到了永远的光明……没多久出现了变化，特有的新瞳术也由此眼而衍生。但是瞳的交换只能在一族之间进行，而且并不是谁都可以用这个方法获得新的力量的，这是建立在之后众多牺牲的历史之上的事实……这是万花筒写轮眼的另一个秘密。
斑使用这力量一个接一个地统治了忍者一族，接着与传说中忍术最强的森之千手一族携手设立了新的组织。这个组织后来就成为了木叶村。之后，斑与千手一族的族长（也就是之后的初代火影）围绕村子的方针产生了对立。斑虽然在争夺主导权上失败，但现在他依旧与那瞳力共同存在着。他成立了“晓”这个组织，在其背后隐藏着自己。16年前，九尾袭击木叶的事件就是斑挑起的（万花筒写轮眼最终可以操控尾兽），这又被四代目阻止了。……
鼬对佐助说他是自己的备用品，大声喊叫佐助把眼睛换给他，然后两个人用开始战斗，佐助被打倒在墙上，鼬伸出手对准佐助的左眼。。。。。
暂且结束
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考