为落实国务院关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的意见，2009年5月，福州高新技术产业开发区大规模扩容，迎来了新一轮发展机遇。
2009年海交会前，福州完成了“福州市高新区总体规划项目”中的产业规划。按照该规划，闽侯上街-南屿-南通地域，将崛起一座面积为68平方公里的生态科学城，这里将打造成海峡西岸经济区“电子信息+先进制造业+研发创意”基地，希望能为承接台湾产业转移、实现两岸经济融合做准备。目前福州市高新区产业基地已启动建设。
国务院出台的《关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》中专门提到，福建要“增强自主创新能力，推进产业结构升级。建设海峡西岸高新技术产业带，使之成为承接台湾高新技术产业与技术转移的载体。”福州选在这个时候扩容高新区意义重大，一方面是推进自身产业结构升级的需要，另一方面也为承接台湾高新技术产业与技术转移做好相应准备。
2008年，“一区四园”实现高新技术产品产值375亿元，占全市高新技术产品产值的33%，已认定高新技术企业138家，入驻科技企业320家，完成利税29亿元。
根据新一轮《福州市城市总体规划》修编与《福州城市发展战略规划》（2007年），福州高新区产业基地选址确定为闽侯上街-南屿-南通地域。
新的高新区产业基地与老的“一园四区”在功能定位上有明显区分。根据新一轮福州城市总体规划的调整，座落在市区的福州软件园、福州高新区洪山园、台西园、金山工业区正积极调整产业定位和园区规划，重点发展都市型高科技软件、动漫创意产业和信息技术外包、创意设计外包等服务外包产业，鼓励培育和发展总部经济，加快研发中心、企业总部建设步伐。市区高新技术产业将逐步往新的高新区产业基地转移、积聚，既符合城市发展的方向，也有利于科技资源整合，优化产业布局。
福州高新区产业基地是上街-南屿-南通城市组团的重要组成部分，具有发展高新技术产业得天独厚的区位、地理、自然和人文条件，将规划定位为福州城市副中心与福州生态科学城。该产业基地位于福州中心城的西侧，毗邻旗山脚下，北靠大学城，东临乌龙江，西、南为旗山和五虎山，大樟溪从中穿过。随着洪塘大桥、金山大桥、浦上大桥和湾边大桥等重大交通基础设施陆续建设开通，上街-南屿-南通区域与福州中心城区的联系更加紧密，将成为未来几年内福州中心城区重点开发建设的区域之一。
高新区产业基地北起316、324国道连接线，东至大樟溪，西南至山体，与福州主城区仅“一江之隔”，拥有闽江、乌龙江、大樟溪水运之便利。公路方面，福银高速公路、沈海高速公路、316国道、324国道、101省道穿境而过，交通异常便利。此外，外福铁路、温福铁路都从该区域经过，这里到长乐国际机场也不过35公里，至福州港只有57公里。
该产业基地紧邻福州大学城，周围有福建医大、福建中医学院、福建农林大、闽大和福建工程学院等十几所高校和科研机构，可充分发挥大学城科技、人才优势，推动产学研一体化，为建设研发中心、孵化高新技术项目，实现高新技术成果商品化、产业化、国际化创造有利条件。
同时，产业基地周边自然环境优美，同时区内水系丰富，很适宜打造成“山、江、溪、河、城”相融合的生态型高科技产业基地。
为鼓励和促进高新技术产业在高新区产业基地的积聚，政府陆续出台了诸多优惠政策，入驻高新区产业基地的高新技术企业在土地安排，国家、省级项目资金配套，科技人才购房和子女入学，企业税收减免及补贴，企业引进人才补助等方面将享受一系列政策扶持。市政府还承诺，对产业基地内重大领军项目实行“一事一议”的特别优惠政策。福州高新区管委会拥有市一级的项目审批权限。管委会实行全程跟踪的免费代办制，为入驻企业提供“一站式”的优质便捷服务，并提供相应的金融服务保障、人才及劳务资源保障等。
按照规划，福州高新区产业基地产业区面积约20平方公里，一期用地为10平方公里，起步区先开发5000亩。基地内初步划分为电子产业园、机电产业园、生物医药产业园、软件产业园、软件&工业设计产业园、物流基地等。一期重点建设平板产业基地。
高新区力争打造两岸高新产业合作的平台，进一步密切与台湾新竹、台北内湖科技园区的产业对接与合作，努力建设海峡两岸科技创新和高新产业对接与合作的“先行区”。2009年1月，签订了福州高新区和台北内湖科技园区交流合作协议。
自2013年7月1日，福州高新区正式接管闽侯县南屿镇及上街镇5个村。
2014年3月5日，国务院向福建省人民政府印发《关于同意福州市科技园区更名为福州高新技术产业开发区的批复》（国函〔2014〕31号）。《批复》内容为：你省《关于恳请将福州市科技园区更名为福州高新技术产业开发区的请示》（闽政文〔2013〕233号）收悉。现批复如下：同意福州市科技园区更名为福州高新技术产业开发区。
