1661年(清朝顺治18年,南明灵力15年)3月,郑成功率2万5000名兵长,分100艘战舰,从金门出发。他们冒着风浪横渡台湾海峡,在澎湖休息几天,准备直入台湾。1661年(公历15年)农历2月,郑成功带领将士在金门川“祭天”举行隆重的认捐仪式。一切准备就绪,舰上将士们用材料聚集在海湾里,等待风前进。23日,郑成功率官兵25,000(日设11,700艘),数百艘军舰(日设300艘)从金门材料纳湾启航,向东推进。
24日早上,部队穿过台湾海峡陆续到达澎湖群岛。郑巡视各岛,认为澎湖在军事上很重要,于是留下四名将军,带领自己的军队继续东征。从澎湖到台湾只有52海里,但遇到逆风就很困难。27日,郑空军到达柑橘(这是东吉委、西吉委)海面时,突然刮起风暴,只好返回澎湖。强风不止,正军携带的粮食已经所剩无几。更重要的是,如果无限期停靠澎湖气候,不仅会影响军心,而且不能在预定的日期进入鹿耳门港。
根据郑成的事前调查,要想顺利进入鹿耳门,必须利用每月初一和十六日的大葱。错过时机要推迟半个月。在这种情况下,郑成功下定决心进行抢劫。一些将军考虑到风浪的危险,强烈建议郑成功不要轻率从事,要求暂缓出海。郑成功斩钉截铁地说:“冰能忍,上帝在那里。……否则,军官和士兵怎能坐在昆仑斯岛感到饥饿。”所以他命令立即开船。
30日晚,郑成功亲自率领船队冒着暴风雨横渡海峡。他们与风浪搏斗到半夜,于4月1日凌晨航行到鹿鬼门关外。郑成先换乘小船,从鹿耳门登上北线尾部,查看地形,将精良的潜水健儿送往泰康内海,侦察了湖军情况。