复旦大学附属儿科医院肾内科自1954年起发展，设有肾脏病房，1972年开设肾脏专科门诊，1976年成立专业组，由著名专家郭怡清教授担任首任组长。目前有35张专业病床，9名在职医生和3名专科护士。其中包括1位博士生导师和1位硕士生导师，5名拥有博士和硕士学位的医师。他们在肾病综合征、乙肝肾炎和系统性红斑狼疮等领域的研究成果显著，曾多次获奖。医院成立了小儿肾脏和泌尿系疾病诊治中心，致力于儿童遗尿症、膀胱输尿管返流等疾病的早期诊治和肾替代治疗，如慢性腹膜透析和肾移植，以预防和控制慢性肾脏病发展。特色门诊包括综合肾脏病、遗尿、尿感、慢性肾衰和风湿性疾病等。
内分泌与遗传代谢内分泌科专注于临床与科研，如儿童糖尿病防治，与WHO合作研究，开展胰岛移植和胰岛功能测定。他们还关注儿童性早熟和矮小症，出版多本专业书籍，沈水仙教授通过讲座普及疾病知识。神经外科在国内小儿神经外科领域处于领先地位，擅长各种疾病手术，尤其在颅脑创伤、肿瘤和脑积水等方面具有优势。
骨科自60年代初创立，现在拥有教授和副教授等专业团队，开展多种新技术治疗，如血管蒂移植手术等。马瑞雪教授是学科的学术带头人，参与多本专业书籍的编写。
泌尿外科自1958年起发展，专注于先天性尿路畸形等疾病的诊治，引进国际先进技术和理念，已在国内领先。心胸外科是中国最早的小儿心胸外科，成功施行数千例心血管手术，尤其在复杂先天性心脏病治疗上取得了突破。
皮肤科成立于1994年，有丰富经验的皮肤科医生，尤其在皮肤病治疗和过敏性疾病方面有独特方法，还开设了小儿性病专科门诊，提供及时的性病诊疗服务。
复旦大学附属儿科医院创建于1952年，系卫生部部属“三级甲等”医院，是集医教研为一体的综合性儿童专科医院。全国儿科学重点学科、国家“211工程”重点建设单位。最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学（儿科学组）博士后流动站的单位。多次被评为上海市文明单位。