康定县教育局按照其职责设有五个内设机构，具体如下：
1. 办公室：负责全局的综合协调，包括年度计划制定、工作总结编写、文件管理和会议组织等。承担文秘、宣传、机要、保密等工作，处理人大代表建议和政协委员提案，编写教育史志，管理机关档案和信息，负责资产及行政事务管理，处理群众来信来访，参与行政诉讼和赔偿案件等工作，同时负责机关后勤保障和车辆调度管理。
2. 计财基建股（校安工程办公室）：主要负责教育事业中长期规划，学校布局调整，投资计划编制，教育基建资金管理，中小学校舍安全工程，教育经费筹集和管理，以及教育资产和财务预决算监督等工作。
3. 教育股（“9+3”管理办公室）：全面负责基础教育、职业教育等综合管理，推进义务教育均衡发展，指导教材审定和统编，学校教学改革，德育、团队和校园文化建设，学生社会实践，职业技术教育指导和评估，社会力量办学管理，以及法制建设和依法行政等工作。
4. 学校安全和体育卫生管理办公室：负责执行学校安全法规，制定并监督实施安全规章制度，组织学校安全检查，协调安全事故处理，进行校园安全宣传和培训，指导体育和卫生教育，维护校园稳定和综合治理。
5. 人事师训股：负责机关和直属单位的人事编制、机构管理和教师队伍建设，包括人员统计、考核晋升、档案管理、校长队伍建设、师资培训、人事制度改革和教师资格管理等。