虽然我国有着极为丰富的裸子植物种类及森林资源，但由于裸子植物的树干具有端直、材质优良和出材率高等优点，所以正在受到人们强烈的威胁和破坏。如50年代中国最大的针叶林区——东北大、小兴安岭及长白山区的天然林被不同程度地开发利用，60年代至70年代另一大针叶林区——西南横断山区的天然林又相继被强烈采伐。而在我国的华中、华东和华南地区，因人口密度较大和经济发展的需求，中山地带的各类天然针叶林多被砍伐。随着各类天然针叶林采伐和破坏，原有生态环境发生改变，加快了林下生物消失和濒危的速度。同时，一些具有重要观赏价值和经济价值的裸子植物也不断地受到破坏严重，如攀枝花苏铁、贵州苏铁、多歧苏铁和叉叶苏铁均就遭到大肆破坏。又如三尖杉属和红豆杉属植物，当它们被发现有新型抗癌药用的价值后，就立即遭到大规模采伐，破坏之剧烈，使资源急剧减少。
以前在中国灭绝的裸子植物有崖柏，现已又被重新发现。仅有栽培而无野生植株的野生绝灭种有苏铁（铁树）、华南苏铁、四川苏铁；分布区极窄，植株极少的极危种有多歧苏铁、柔毛油杉、矩鳞油杉、海南油杉、百山祖冷杉、元宝山冷杉、康定云杉、大果青杄、太白红杉、短叶黄杉、巧家五针松、贡山三尖杉、台湾穗花杉和云南穗花杉等。如今濒临灭绝和受到威胁的裸子植物多达60多种，约占裸子植物种数的28%，其中的百山祖冷杉和台湾穗花杉已经被列入世界最濒危的植物之列中。
优先保护的物种
现在我国已经充分认识到保护裸子植物的紧迫性和重要性，已经建立了少数以残遗或濒危裸子植物为保护对象的保护区。这些优先保护的裸子植物有，银杉、百山祖冷杉、攀枝花苏铁、元宝山冷杉、水杉等。另一些裸子植物物种已列为在其产地所建保护区的主要保护对象。为保持中国在裸子植物类群上的优势，应禁止或限制天然针叶林的采伐，必须采伐时应选择适宜的采伐方式，确保天然更新。同时还应在一些极度临危的种类（如多歧苏铁等）的原产地建设自然保护区，以重点保护。