河流生态系统水的持续流动性，能够使河流中溶解的氧气长期处于比较充足的状态，且层次分化也不明显。河流生态系统主要具有以下特点：
一是具有纵向成带现象。但物种的纵向替换并不是均匀的连续变化，特殊种群可以在整个河流中再现。
二是生物大多具有适应环境的特殊形态结构，表现在浮游生物较少，底栖生物多具有体形扁平、流线性等形态或吸盘结构，适应性强的鱼类和微生物丰富。
三是与其他生态系统相互制约，关系复杂。一方面表现为气候、植被以及人为干扰强度等对河流生态系统都有较大影响；另一方面表现为河流生态系统明显影响沿海生态系统的形成和演化。
四是自净能力强，受干扰后恢复速度较快。
湖泊生态系统是指湖泊生物群落与大气、湖水及湖底的沉积物之间连续地进行物质交换和能量传递，从而形成结构复杂、功能协调的基本生态单元。
湖泊水体的生态系统属静水生态系统的一种。湖泊生态系统的水，流动性小或者长期处于不流动状态，因而在湖泊的底部沉积物较多，水温、溶解氧、二氧化碳和营养盐类等分层现象也比较明显。