用以下三种方法区别：1、结构，黑曜石不属于隐晶质结构，黑玛瑙属于隐晶质结构;2、色泽，黑玛瑙呈现油脂光泽，黑曜石呈现玻璃光泽;3、硬度，能在黑曜石表面留有痕迹，不能在黑玛瑙留有痕迹。
1、结构不同
黑曜石和黑玛瑙主要区别之一就是两者结构不同，黑曜石的主要成分是二氧化硅，是不属于结晶类的宝石，而黑玛瑙主要成分也是二氧化硅，但是黑玛瑙的晶体结构属于隐晶质结构，是属于结晶类宝石之一。
2、光泽不同
黑耀石和黑玛瑙另外一个主要区别之一就是色泽不同，黑玛瑙所呈现出玻璃和油脂光泽，表面的图案色泽鲜艳，而黑曜石只会呈现出玻璃光泽，而且表面带有天然的条纹和斑点。
3、硬度不同
黑曜石和黑玛瑙的区别在于硬度不同，因为黑玛瑙比黑曜石的硬度高，而且用黑玛瑙在黑曜石表面划出一条线，黑曜石的表面容易被划出痕迹，而黑曜石色不能在黑玛瑙表面划出痕迹。