在渔业船舶水上安全事故的处理中，根据《渔业船舶水上安全事故报告和调查处理规定》第四章，第二十七条明确了相关责任的追究。对事故负有责任的个人和船舶、设施的所有者或经营者，渔船事故调查机关会依据相关法律法规和《中华人民共和国渔业港航监督行政处罚规定》实施行政处罚，并可能建议相关部门对责任人进行相应的处分。
如果事故责任人员超出渔船事故调查机关的管辖范围，调查机关会将相关情况通报给相应的主管机关，以确保责任的全面追究。
第二十八条强调了安全管理的重要性。根据事故原因，调查机关有权要求相关船舶和设施的所有人、经营人在规定时间内加强安全管理。如未能遵守，调查机关有权禁止船舶离港，或命令其停航、改变航线或停止作业，并有权采取强制措施以保障水上安全。
最后，第二十九条指出，当事故当事人和相关人员涉嫌犯罪时，渔船事故调查机关必须依法将案件移交给司法机关，以确保刑事责任的追究，维护法律的公正和权威。
2012年12月25日，中华人民共和国农业部令2012年第9号公布《渔业船舶水上安全事故报告和调查处理规定》。该《规定》分总则、事故报告、事故调查、事故处理、调解、附则6章41条，自2013年2月1日起施行。1991年3月5日农业部发布、1997年12月25日修订的《中华人民共和国渔业海上交通事故调查处理规则》予以废止。