南京大学2006年的年度报告详细记录了学校的各个方面，以下是部分内容的概览：
学校概况部分概述了东南大学在2006/2007学年初的各项关键数据，包括但不限于学生人数、教师队伍、科研成果等基本信息。
机构与干部章节中，列出了2006年新成立或发展迅速的各类委员会和领导小组，以及学校管理层的重要任职情况，如各级人大代表、政协委员、民主党派成员等的任职信息，以及相关政府部门的设置。
在党建与思想政治工作部分，详细记录了党风廉政建设、组织建设、宣传工作、安全保卫、统战、老干部、国防教育和工会、共青团等领域的活动和成果。这部分强调了学校在这些方面的重视和投入。
学科建设和研究生教育方面，报告了2006年度的科研项目成果，如国家级科技项目的获得情况，教育部工程研究中心的设立，以及产学研基地的新增情况，反映出学校的学术实力和产学研结合的成效。
科技工作综述部分展示了科研项目的具体进展和新基地的建立，展示了学校在科技创新方面的突出贡献。
本科教育和继续教育则关注了基础教育的质量提升和成人教育的发展，展现了学校在人才培养方面的多元化和持续发展。