益阳市非税收入征收管理局设有多个职能科室，为确保工作的高效进行，各科室分工明确，职责如下：
1. 办公室: 负责制定并公布内部管理制度，管理财务会计、资产管理、车辆调度、后勤采购以及内部安全。负责处理提案议案、撰写报告、文件处理、档案管理，组织会议、内部协调和接待等工作。
2. 征收管理科: 严格执行非税收入管理法规，解答相关政策问题，处理群众咨询。制定全市非税收入实施方案，协同相关部门制定统筹调剂方案。负责预算编制与征收，审核非税收入征免事宜，组织非税收入管理法规宣传和调研，审查并汇总全市非税收入报表，指导全市非税收入征收工作，以及罚没物品的处置和肥瘦收入返还的审批。
3. 票据及核算科: 主管全市非税收入票据管理，包括计划采购、保管和结算。向各区县（市）和市直单位发放票据，审核和管理非税收入的收款工作，确保资金准确核算并编制报表。负责银行印鉴管理，协调银行关系，确保资金按规定划解国库或财政专户，处理代扣和缴库事务，以及协调相关单位的账务核对。
4. 稽查科: 主要职责是监督市级非税收入预算执行和下级机构的征收、汇缴等，对违反法规的行为进行查处。同时，稽查科负责非税收入票据管理的监督，处理相关举报案件，与物价、监察等部门保持紧密联系。