南京大学在计算机、软件领域的实力较强。原因如下：
1、 南京大学拥有华东地区唯一的一个软件领域的重点实验室“计算机软件新技术国家重点实验室” ，这个实验室是我们国家在软件领域唯一的被评为“优秀”的国家重点实验室。 同时，南京大学也是华东地区在该领域中，唯一有全职院士、国家重点实验室和国家一级重点学科的高校。
2、 在国家“教育部学位中心”最新的排名（2007年）“0812 计算机科学与技术”中，南京大学位列全国第8名，而中科大进入榜单。
3 、南京大学的软件工程专业招收本科学生，而中科大则没有软件工程专业的本科学生。
4、计算机科学与技术授予的是理学学士、软件工程是工学学士。软件工程专业在第三、四年的学费达到12000~14000元，南大学费和北大、清华一样。 南大软件工程的就业是有保证的，腾讯的联合创始人到普通产品经理有一半的人都来自于南大。
学科建设
南京大学
截止2020年5月，南京大学拥有专业硕士学位授权点25个 ，专业博士学位授权点1个，硕士学位授权一级学科8个，硕士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）6个，博士学位授权一级学科40个 ，博士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）3个。
博士后流动站38个，国家级人才培养基地13个；有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，江苏高校优势学科建设工程三期项目立项学科19个。
2017年12月28日全国第四轮学科评估结果公布，南京大学3个学科获得A+，11个学科获得A，7个学科获得A-，A类学科总数在全国高校中名列第六，A+学科总数排名第十七位。
世界一流学科建设学科（15个）：哲学、中国语言文学、外国语言文学、物理学、化学、天文学、大气科学、地质学、生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、矿业工程、环境科学与工程、图书情报与档案管理。
中国科学技术大学
据2017年9月学校官网信息显示，学校有28个一级学科博士学位授权点，34个一级学科硕士学位授权点，同时还拥有MBA、EMBA、MPA、法律硕士、金融、应用统计、翻译、新闻与传播、文物与博物馆、工程管理、工程硕士（18个领域）等专业学位授权点，20个博士后流动站。
学校有8个一级学科国家重点学科、4个独立的二级学科国家重点学科、2个国家重点（培育）学科、19个安徽省一级重点学科。一级学科国家重点学科数列全国高校第6； 理学博士点国家重点学科覆盖率达到100%，工学博士点国家重点学科覆盖率达到40%。
一级学科国家重点学科：数学、物理学、化学、地球物理学、生物学、科学技术史、力学、核科学与技术。二级学科国家重点学科：天体物理、地球化学、通信与信息系统、计算机软件与理论。 国家重点（培育）学科：安全技术及工程、管理科学与工程。
在教育部学位与研究生教育发展中心公布的2012年第三轮全国一级学科整体水平评估排名中：该校进入排名前5的学科数为9个（其中理学7个），进入排名前10的学科数为14个；该校数学、物理、生物、天文、地学等基础学科均进入国内高校学科排名前5。
在学科国际排名方面，根据ESI（美国科学信息研究所“基本科学指标”数据库）对2002年至2012年数据的统计分析，中国科大有10 个学科（数学、物理学、化学、地球科学、生物学、材料科学、工程科学、计算机科学、临床医学、环境/生态学）已进入国际前1%。
其中材料科学、地球科学、工程科学、数学、物理学、化学、临床医学和环境/生态学8个专业领域的学术影响力超过世界平均水平。
以上内容参考 百度百科-南京大学
以上内容参考 百度百科-中国科学技术大学