研究院的性质多种多样，主要可以分为以下几种：
首先，教育性质的研究院，台湾通常称为研究所，它们通常隶属于大学，如“某大学某研究生院”。这类研究院是高等教育的延伸，主要目标是培养硕士和博士研究生，进行基础和应用研究。大学教授在此类机构中担任教学和研究工作，学生需具备大学学历才能申请入学。
其次，企业性质的研究院，它们的资金大部分来源于企业，目的是为企业提供技术支持，推动企业的技术创新和发展。虽然称为“研究院”，但它们通常不具有教育功能，不会颁发学历证书，更偏向于企业内部的智库角色。
政府性质的研究院则主要依赖国家拨款，它们的研究范围广泛，涵盖政治、经济、科技等领域，致力于解决国家层面的重大问题。这些研究院主要以理论研究为主，寻找解决问题的策略和方法，例如，某企业研究院通过研究发现，在原料中加入特定稀土可以显著提升磁性材料性能，而中物院激光研究所则在理论上探讨了激光摧毁卫星的可能性。
研究院，在学术界，称其为科学试验的研究机构。是大学之后的进阶教育研究机构，一般设于大学中，以“某大学某研究生院”的形式存在，也有独立设立者。