乙醇燃料在汽车应用中存在一些主要缺点，主要表现在以下几个方面：
首先，乙醇的热值仅为常规车用汽油的60%。据相关资料报道，如果直接将乙醇含量提高到10%，不进行引擎调整，汽车的油耗将增加约5%。这直接影响了燃油效率和经济性。
其次，乙醇的汽化潜热较大，其蒸发温度高于常规汽油，导致混合气形成和燃烧过程受到影响。这会降低汽车的动力性和加速性能，对驾驶体验产生负面影响。
此外，乙醇燃烧过程中会产生乙酸，对汽车金属，尤其是铜，存在腐蚀作用。研究显示，当乙醇含量在0-10%时，对金属的影响较小，但超过15%时，需要添加腐蚀抑制剂以保护金属部件。
再者，乙醇作为一种良好的溶剂，会轻微腐蚀汽车的密封橡胶和其他合成非金属材料，可能导致材料的软化、膨胀或龟裂，影响车辆的密封性能和使用寿命。
最后，乙醇易吸水，车用乙醇汽油的含水量如果超出标准，会易引发液相分离，这不仅影响燃油的稳定性，还可能引发机械故障。
车用乙醇燃料也称为乙醇汽油，是指在不含MTBE含氧添加剂的专用汽油组分油（由炼油厂或石油化工厂生产的用于调合车用乙醇汽油的调合油）中，按体积比加入一定比例（我国目前暂定为10%）的变性燃料乙醇，由车用乙醇汽油定点调配中心按国标GB18351—2004的质量要求，通过特定工艺混配而成的新一代清洁环保型车用燃料。