在鼻窦手术中，特别是筛窦手术，由于其解剖结构复杂，并发症的风险相对较高。筛窦是鼻窦中最小的一个，其手术时的操作空间极为有限。Rice的研究指出，正常发育的筛窦尺寸狭小，手术中稍有不慎就可能导致问题。鼻内筛窦切除术最容易引发眶内和颅内并发症，Lima手术次之，鼻外筛窦切除术的风险则相对较低。尽管功能性内窥镜鼻窦手术技术先进，但经验不足的手术者仍有可能出现并发症。
颅内并发症可能危及生命，如颅底骨质损伤引发脑脊液鼻漏和颅内积气，通常是由于手术器械操作不当导致。颅内出血，如硬脑膜下血肿、额叶血肿或海绵窦一颈内动脉瘘，可能是由于锐钳误伤血管，严重时可能导致致命的鼻出血。
眶眼并发症可能导致视力损失，如眼球突出、视力障碍和眼肌麻痹。纸样板损伤可能引起眶部气肿、眶内血肿，严重时会损伤视神经，导致失明。视神经损伤或泪道损伤也会导致流泪，甚至眶内感染如眶骨膜炎等。
鼻内并发症包括嗅觉减退或丧失，通常由于嗅区粘膜损伤。此外，手术后可能会出现鼻道窦粘连，影响鼻腔功能。
在鼻窦中，以筛窦解剖最为复杂，特别是前组筛窦开口处的半月裂孔及其附近的钩突和筛漏斗等，是中鼻道内的小突起和沟状间隙，称为窦口鼻道复合体。该处是鼻腔吸入气流冲击之处，也是细菌、病毒、吸入性抗原（变应原）最易侵入的部位。无论感染或变态反应，开始都是表现为该处粘膜肿胀，纤毛运动停止，筛窦通气和引流受阻，然后才波及到其他鼻窦。