（一）提高项目和资金的管理水平。
1、通过整合财政资源来提高财政资金使用效益。建立预算支出执行考核制度，对执行率低的项目在来年的预算安排中相应减少。健全预算指标流动机制，对重点工程建设资金采用支出总额预算控制，根据具体工程的实际工作进度拨款，谁进度快谁先拨，总额指标拨完为止，这样既有利于预算指标充分流动，发挥财政资金效益，又有利于调动建设单位加快工作进度的积极性。完善专项资金结余清理制度，对无法实施的项目或已完成的项目的结余资金由市财政收回重新安排。
2、完善专项资金和项目管理制度。完善专项资金管理办法，加大对贫困山区的补助力度，免除或减少贫困乡村的配套资金要求。财政和主管部门应加快专款拨付进度，尽可能减少资金拨付环节和资金拨付天数，缩短链条，逐步建立“直通卡”的支付网络。建立专项资金有效协调机制，各部门必须坚持“集中财力办大事”的原则，对专项资金统筹考虑，调整结构，形成合力，有针对性地抓好重点领域和项目。严格项目审批制度，建立项目库制度并实行分级管理。各部门应深入调研，严格立项、筛选、论证制度，组织专家组进行可行性研究和评审，按照科学、公开、公正、公平的操作程序，建立滚动的部门项目库。实现资金和项目步调的协调，需多年完成的项目分年度安排资金。
（二）建立健全专项资金使用绩效责任追究体系。
1、建立健全使用绩效评估制，推行问效制。
按照“事前审核、事中检查、事后评价”的要求对专项资金实施全过程监督控制，把专项资金的审批分配、监督检查与绩效评价结合起来，建立科学、完善的财政专项资金监管制度，确保财政专项资金按规定用途合理使用。逐步建立和推行绩效评价机制，建立有效的激励和约束机制，强化资金使用单位的节约和绩效意识，强化资金使用单位被监督意识，促进其不断完善制度，提高管理水平，提高资金使用绩效。
2、建立健全监督体制，明确责任主体，推行问责制。
实施问责制是现代政府强化和明确责任，改善政府管理，建设责任政府的本质要求。首先要进一步明确财政专项资金相关主体的责任，分清决策者应负什么责任，资金的分配者应负什么责任，资金的使用者应负什么责任，监管者应负什么责任。使得各单位各部门各司其职、各负其责。充分利用专项资金绩效评价结果，建立健全财政专项资金使用绩效评估结果报告制度，报市人大、市政府、市政协或通过媒体公之于众，接受公众和新闻媒体的监督。把资金使用绩效与领导的升迁、业绩联系起来，促使每个单位领导的责任意识。
（三）撤并机构，整合部门职能。
专项资金条块分割、部门各自为政，多头管理，资金已带有深刻的部门烙印，变成部门掌控的资源，资金安排和分配缺乏按职责权限进行科学、公开、公正、公平的操作程序，甚至已经形成固定的利益链。管好用好财政专项资金的关键是调整部门设置，对职能类似或雷同的部门进行撤并，整合部门间的职能，彻底解决多头管理，交叉补助的问题。
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