南方医科大学中西医结合医院的前身是第一军医大学分校。
2004年8月学校整体移交地方后更名为南方医科大学南校区管委会。
2006年，广东省委、省政府在关于建设中医药强省计划的决定中明确提出“支持南方医科大学发挥中西医结合学科群优势，建设一所投资多元、医教研一体，国内一流水平的南方中西医结合医院”。为响应广东省“中医药强省计划”，南方医科大学整合了中医药学院、南方医院和珠江医院的中西医优势学科人才资源，医疗工作以“一个中心院区，两个分院区”协同发展的布局，科教工作以“一个主干，院院互动”资源共享的架构，医院与学院实行“院院合一”的管理模式，于2006年10月南方医科大学中西医结合医院挂牌成立，全国人大张德江委员长（时任广东省省委书记）亲笔题词：“感谢南方医科大学为建设中医药强省和增进全省人民健康所作出的重大贡献！”。随后，乘着学校大力发展附属医院的东风。
2010年5月，五号住院楼投入使用，医院中心院区的床位数扩展到402张；
2011年，国家中医药管理局“治未病中心”和体现中西医结合康复疗法的“传统疗法与康复中心”顺利建成；
2012年，国家中医药管理局和广东省中医药局“名中医工作室”在我院正式启用；
2013年，在学校“大南医”发展战略的支持下，以罗荣城教授为首的南方医院肿瘤团队植入中西医结合医院，并从国内外引进一大批肿瘤学科的领军人才与中医药临床团队结合，报经广东省中医药局批准成立了“南方医科大学中西医结合肿瘤中心”，开启了本校中西医结合在肿瘤防治领域的新纪元，从而使医院进入全面提升和发展的快车道。全院上下一心，开拓进取，正在向着建设国内一流、国际上有影响的教学科研型中西医结合医院的目标而努力奋斗。
2014年10月，作为国内唯一一所高等医学院校直属中西医结合医院，南医大中西医结合医院荣升三甲，拥有中西医结合临床学和肿瘤学两大国家级重点学科专科优势，并按“大专科，大综合”的发展模式发展。
2015年8月，本院与泰康之家（北京）投资有限公司签署战略合作意向协议，共建一流国际化肿瘤医学中心，为医院发展带来了新的机遇和新的挑战。同年10月，南方中西医（南医大肿瘤中心）二号楼和八号楼两栋住院楼新装开业。
