根据2016年3月信息显示，军事医学科学院是国家首批博士、硕士学位授权单位，1965年开始招收培养研究生，是解放军研究生培养规模最大的科研机构，2011年，经中央军委批准，军事医学科学院研究生教育正式纳入解放军院校教育体系并设立正师级研究生部。科学院有6个博士学位授权一级学科，6个博士后科研流动站，实际招收培养研究生的博士学位授权二级学科27个、硕士学位授权二级学科36个，有3个国家重点学科，3个北京市重点学科。
国家重点学科：生物化学、病理学、药理学
北京市重点学科：微生物学、生物化学与分子生物学、药物化学 军事医学科学院学位授权学科专业一览表序号一级学科二级学科授予级别1 生物学 微生物学 博士 2 遗传学 3 细胞生物学 4 生物化学与分子生物学 5 生物信息学* 6 生物安全* 7 核科学与技术 辐射防护及环境保护 硕士 7生物医学工程-----博士9 兽医学 基础兽医学 博士 10 预防兽医学 11 基础医学 免疫学 博士 12 病原生物学 13 病理学与病理生理学 14 放射医学 15 再生医学* 16 医学蛋白质组学* 17 临床医学 内科学 硕士 18 临床检验诊断学 19 外科学 20 肿瘤学 21 急诊医学 22 公共卫生与预防医学 流行病与卫生统计学 博士 23 劳动卫生与环境卫生学 25 营养与食品卫生学 25 卫生毒理学 26 军事预防医学 27 卫生防护防疫技术与装备* 28 军事心理与认知科学* 29 药 学 药物化学 博士 30 药剂学 31 药物分析学 32 微生物与生化药学 33 药理学 34 军事后勤学 军事后勤学 硕士 35 军事装备学 军事装备学 36 图书情报与档案管理 情报学 硕士 资料来源：
备注：*为自主设置目录外二级学科。 博士后科研流动站及招生专业一览表流动站二级学科设站时间药学 药物化学 1988年 药剂学 药物分析学 微生物与生化药学 药理学 基础医学 免疫学 1991年 病原生物学 病理学与病理生理学 放射医学 再生医学* 公共卫生与预防医学 流行病与卫生统计学 1995年 劳动卫生与环境卫生学 营养与食品卫生学 卫生毒理学 军事预防医学 卫生防护防疫技术与装备* 生物学 微生物学 1999年 遗传学 细胞生物学 生物化学与分子生物学 生物信息学* 生物安全* 兽医学 基础兽医学 2004年 预防兽医学 生物医学工程 生物医学工程 2012年 资料来源：
备注：*为自主设置目录外二级学科 根据2016年3月信息显示，军事医学科学院为国家、军队培养和输送了以“两院”院士为代表的4700余名研究生，留院研究生沈倍奋、贺福初和张学敏研究员当选两院院士，汪海、李松、杨晓、裴雪涛、曹务春、王升启等列入总后院士后备人选，有17人次获得求是奖、国家百千万人才工程和杰出青年基金，11个研究所所长中，有9位是留院研究生或博士后。近年来，产生国家自然基金和军队创新群体奖4个人才群体。博士后科研流动站累计招收博士后研究人员553名，出站452名。
