最大区别为蓝藻植物是原核生物。除蓝藻外的藻类:如绿藻、衣藻、 团藻、褐藻等是真核藻类。而且它们结构不同，生殖方式不同。
蓝藻植物细胞里的原生质体，分化为中心质和周质两部分。中心质中含有 DNA ，不形成染色体，无核膜和核仁的结构，但有核的功能，故称原核。周质又称色素质。蓝藻细胞没有分化成载色体等细胞器。周质中有光合片层。在光合片层的表面有叶绿素 a 、藻蓝蛋白、藻红蛋白及一些黄色色素，是光合作用的场所。蓝藻光合作用的产物为蓝藻淀粉和蓝藻颗粒体。
在细胞壁的外面有胶质鞘包围。蓝藻植物体有单细胞的、群体的和丝状体的。有一些蓝藻的藻丝上常含有特殊细胞，叫异形胞。
蓝藻以细胞直接分裂的方法繁殖。丝状类型是以形成藻殖段的方法繁殖。蓝藻除了进行营养繁殖外，还可以产生孢子，进行无性生殖。在丝状类型中（颤藻科除外）产生厚壁孢子。在管孢藻目中，有些种类产生外生孢子或内生孢子。
绿藻门植物体形态多样，有单细胞、群体、丝状体和叶状体。少数单细胞和群体类型的营养细胞前端有鞭毛，终生能运动。绝大多数绿藻的营养体不能运动，只在繁殖时形成的游动孢子和配子有鞭毛，能运动。繁殖方式为无性生殖和有性生殖， 多数种的有性生殖为同配。
轮藻门 多细胞具分枝：主枝、短枝、刺状突起，有假根固定植株，主枝和侧枝分化成节和节间，顶端细胞、中央细胞和皮层。生殖方式为卵式生殖或营养繁殖。
等等吧...
参考资料：<植物生物学>