利用酵母菌发酵制造啤酒、果酒、工业酒精，乳酸菌发酵制造奶酪和酸牛奶，利用真菌大规模生产青霉素等都是这方面的例子。
在啤酒生产过程中，发酵是重要环节。将经过灭菌的麦芽汁充氧，接入啤酒酵母菌菌种后输入发酵罐。初期，酵母菌迅速繁殖，糖度下降，酒精浓度渐渐上升，泡沫不断增多。当糖度下降到一定程度后，结束发酵，最后分别输出有形物质和啤酒。
酵母菌在有氧条件下进行有氧呼吸，在无氧条件下进行无氧呼吸，有氧时酵母菌能通过出芽生殖的方式大量繁殖，种群数量增加很快，无氧时能分解糖类产生酒精，释放出的能量，大部分储存在发酵产物中，极少数用于自身生长发育。
发酵的注意事项和重点须知：
制作果酒时选用的菌种为酵母菌，制作果醋时使用的微生物是醋酸菌，制作腐乳主要用的是毛霉，制作泡菜主要用的是乳酸菌，其中制作果酒时，酵母菌进行酒精发酵产生酒精和C02，乳酸菌的代谢类型为异养厌氧型。
果酒的制作离不开酵母菌，在自然发酵的过程中菌种的来源是葡萄皮上的野生型酵母菌，酒精发酵时的温度一般控制在18-25摄氏度；制作泡菜中乳酸发酵过程即为乳酸菌进行无氧呼吸的过程；制作过程中影响亚硝酸盐含量的因素有温度、食盐用量、腌制时间等。
制作腐乳主要利用的微生物是毛霉， 这种微生物产生的酶主要有蛋白酶和脂肪酶，蛋白酶将蛋白质分解成小分子肽和氨基酸，脂肪酶将脂肪分解成甘油和脂肪酸；在腐乳制作过程中加盐的目的是抑制其他微生物的生长、调味或使腐乳成形。
以上内容参考：百度百科—发酵
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