大圆满法认为人人皆具佛性，但在现实人心中又沾染着各种烦恼、妄念等不符合佛教的思想认识、情感欲望等，因此每个人成佛的能力只是潜在的，要实现这一目的还需要一定的方式和途径，所以宁玛派把大圆满法又分为三部，即心部、界部、要门部。本教大圆满习惯上分为三支，阿、佐、年教授，即阿车、佐钦和象雄耳传，此三支属于本教的最高精神训练范畴。
象雄耳传大圆满法是修行最高的法门。“象雄”指古代象雄王国，“耳传”是历代上师辗转附耳亲传的窍诀法，象雄耳传意为：大鹏鸟居圣地象雄地方传来的大圆满耳传法。象雄耳传大圆满是雍仲本教不共最高即身成佛的法门，也是大圆满法的精华。象雄大圆满法可以分口传、耳传、心传、文传、伏藏相传等。象雄耳传教授是口耳传承，如象雄大圆满耳传四类法是24位虹化身的传授，在印度佛教没有传入西藏之前，虹化身达布士扎大师把大圆满象雄耳传四类法传给了郎协勒布，进而传到吐蕃各地。大圆满象雄耳传四类法是最古老和最重要的大圆满法，传承佛陀以来从未中断的。《象雄耳传四类》是佛教最高的境界，佛法的精华，今世成佛的快速法，这样的佛法是很难得的 。 此心部即是对心性问题从体、相、用三个方面所作的全面阐释:
(1)心体本净。有情众生皆具佛性，也就是真心。此真心之上所沾染的烦恼、妄念等是由于色、声、香、味、触、法等六种客观外境作用于众生的眼、耳、鼻、舌、身、意六种感官而产生的六识所致，简言之就是客观外境作用于主体的感官而引起的主观认识所致，也就是众缘和合的产物，故被称为“妄心”。
《智者喜筵》说:“真心不从因而生，不从缘而灭，最初无来处，最后无去处，过去现在皆是湛然常寂。因其体空，故无生灭。”④故真心之体从本以来就是清净空寂而无垢染、无生灭变化的，而妄心之存在是由于无明所致。
根据宁玛派缘聚而生、缘散而灭的观点，妄心这一众缘和合的产物是刹那生灭的、外在的，并非真心所固有的内存本质，所以说“心体本净，湛然空寂”。大圆满法之心部即是要证悟此本空心体，它与汉地禅宗见性成佛的观点很是相近;同时它将抽象的绝对本体佛性转变为众生之形象的自心，从而将传统教义中外向求佛的方式(即将崇拜佛像、沉溺经论等求佛的方式)转变为对自心的修养上。
(2)自性顿成。所谓“自性顿成”是说“空性妙相，无碍明显”。心性本具光明、不假修造、自然成就，它能现生死涅 所摄诸法(是谓“觉”)。宁玛派认为，心体空之“空”并非一无所有、并非“零”，而是体虽空、性却有，是空而有明，故心性光明、犹如明镜，可以显现各种形象。镜中所现的这些形象虽然都是空的，但明镜的作用却是存在的。存在即是不空，不空就是有，这就是心的明分。明分不空，所以能现。这样心就统摄了生死涅槃所包含的一切诸法，成为万有之本体。《土观宗派源流》云:“此中心部，说随见何境，唯是自心，心性现自然智慧，险些自然智慧外，再无余法。”就是说自然智慧能够显现生死涅槃所摄之一切诸法，其之所以能够显现万有就在于心性不仅空寂，而且也本具光明。空分成就佛之法身，而明分则成就佛之报、化二身。明空双运，自心就兼具了佛之法、报、化三身，从而具备了成佛的所有条件。只不过这种条件只是潜伏于自心之中，是众生成佛的潜在能力，所以要成佛就要挖掘这种成佛的潜能。故只有通过单刀直入的方法直接观见自心即是万有之本源，万有皆由自心显现而生。这样才能认识自心本具佛性、自性原本为佛的真谛，从而获得解脱、成就佛的法身。这一见地与噶举派即身即佛的观点颇为相近，与内地禅宗的思想同趋一辙，但与格鲁派万法因缘而起、故一切皆空的观点是背道而驰的。
(3)大悲周遍。所谓“大悲周遍”就是心用而言的，即就自然智慧之用而言。“空性妙德，能现染净诸相，是为大悲周遍”。主观认识之所以能反映客观存在，就在于心之自性本具光明，光明是心之本性；之所以能显现客观事物的形象，是光明心之妙用。妙用与光明双融就能显现世间万有。故真心“不是一切能显一切”，生死涅槃所摄诸法皆以心为本源。如果执着于所现形象为实有者，则变现为生死轮回之界；如果了悟所现形象为空寂者则示现为清净涅槃之境。但就心体而言是永恒不变的，其道理就在于“妙用化现之源，则为化现不灭分(用)”；在于《智者喜筵》中说：“佛和众生轮回涅槃，其体非有不同，当此体显现本有妙相元成境界时，由于不能认识产生无明，遂受业风鼓动，即在未悟本性之中而起作用时，将自心本性误认为我(能)，心体之之用误认为它(所)，使能所对立，出现轮回。虽然出现轮回，其时心体并无动摇。”。可见，生死涅槃只在于众生的迷悟上，迷则为凡，悟则为佛，自心之体则是不生不灭不变动的。总之，宁玛派从体、相、用三方面对心性所作的阐释指出，众生本具佛性，即自然智慧(或称为真心)既具有常驻不变的空分，又具有显现生死涅槃诸法的明分，空分成就佛之法身，明分成就佛之报、化二身，明空双融则三身兼具。所以悟心就要既了悟心之空分，也要了悟心之明分，概言之就是体空、相明、用周遍。 界部也被译为自在部，指生死涅槃所摄诸法皆在普贤境界中任运自在、随缘生灭、本来清净解脱。根据个人对心的空分的不同认识，界部又被称为“黑界”、“花界”等，但总体而言，“界部说一切法性，不出普贤境界，遮破了除法性境界而外，别有余现。此部特重光明……界部是运用永离所缘的甚深关要，安住无功用中，由甚深和明了的妙智双运，成就虹体金刚身。”其中所言普贤境界就是法性境界、佛境界；都是光明自显，即所现境界都是本有妙相的自然显发，也就是本有心性的显露。在此境界中所现的一切事物和现象均是一系列罗列的幻化情景，并非是真有其物。所以要“离所缘”，既不分别有无是非，也不区分美丑善恶，让自心安住于这种真空妙有的法性境界中随意而行。这样，各种无明妄念就会自行消失，从而悟得空性妙智，证得“虹体金刚身”，使自己的肉体化为如虹似霓而又坚不可摧、永不坏灭的金刚之体，达到涅槃的终极目的。
由此可见，宁玛派大圆满法界部达到涅槃这一终极目的的善巧方便，就是对自心本具的光明的修习。光明是自心本性，全佛与众生同具，所以佛所具有的一切智慧众生也同样具备，只是众生因被无明烦恼所遮，故不能认识自心本具之光明德相。所以，《大圆胜慧》说:“身中之烦恼气清净后，始见本性光明。”这就是一个将组成众生之身的四大五蕴所释放的粗气光明(即众生身内的气脉所释放的光明)，转化为自然智慧的细微光明而融入法性，成就报、化二种色身的过程。 如前所述，大圆满法的心部是以悟“空”为要，直观自性本空、面求明空本净之实相的法门;界部则是以修光明为主，但也不能离悟心本空的这一基础。原因是因为只讲“空”则只能证得佛之法身，而只讲“明”则只能证得佛之报、化二身。法身是自然智慧、是精神性的，而报、化二身则是这种智慧的载体，是物质性的，故三身缺一就不能真正为佛。所以心部和界部都是明空兼修的，只不过各有所重而已。要门部则是明空双重、双融，主张超越修持次第的顿悟。“运用无分别智，把生死涅 一切诸法，都汇归于不空不执的法性境界中，由此要点，所以，用生死涅 无二分别的灵明智性现证法性境界。并在自性环链中成熟解脱，这就叫做要点中解脱，如艾炙之火，中其病灶要处相似。”也就是说，要运用佛智直接超越修习次第，专注要点，直认自心心体本净的本质属性，从而获得解脱、成就佛果。这种“要点中解脱”的特殊修持方法被宁玛人视为大圆满法的最高顶峰，要门部也就成了大圆满法的最高法门。
要门部有两大要门：一是“彻却”，一是“妥噶”，二者均为解脱成佛之道。《知识总汇》曰心性的“空分为本净妙觉，远离戏论，使此空分归于法性穷尽之地，即为本净彻却”，心性的“现分为自显光明将一切窒碍在光中清净达于法性净地即为元成妥噶”。《大圆胜慧》说:“彻却法尔本自真空之法性(心)如母;妥噶见元成本来清净之法界所显妙有(境)如子。”由此可见，彻却修法重在求悟心的本净实相，也就是心的空分，而后者求悟心相元成光明。要门部将此二者的关系视为母与子的关系，强调不可偏离任何一面，即要求将真空与妙有相结合，成为明空双运，以求得法、报、化三身，而成就佛果。因为，既然众生之自心包括着生死涅 所摄之一切法，则自心就是一切具足、无所不包，故只要见性就可成佛、明心就可解脱，也就没有必要修佛了。这种注重对自心修养的思想构成宁玛派佛教思想的又一大特色。
要门部又分外、内、秘密和无上四部。无上要门部又称自性大圆满心髓金刚藏乘，简称大圆宁提（心髓）。
