根据市经济信息化委的主要职责，市经济信息化委（市国防科工办）设24个内设机构。
(一) 办公室（财务处）
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、信访、议案、政府信息公开、新闻宣传、安全保卫、保密、财务和后勤保障等工作；承担重要事项的组织和督查工作。
主任：李巍
（二）研究室（政策法规处）
承担本市工业、软件和信息服务业、信息化方面重大问题的调查研究，并提出相关政策建议；承担综合性重要文稿的起草工作；负责机关推进依法行政综合工作；起草工业、软件和信息服务业、信息化方面的地方性法规草案、政府规章草案；负责行政执法工作的监督、指导和协调；承担行政复议、应诉的有关工作；承担机关行政规范性文件的合法性审核和备案工作。
处长：唐建国
（三）规划处
组织拟订本市工业、软件和信息服务业、信息化发展规划和产业政策，并组织实施；提出工业和信息化固定资产投资规模和方向的建议；按照规定权限，核准、备案和上报规划内和年度计划规模内工业和信息化固定资产投资项目；审核电子政务和公共服务领域信息化升级改造及运行维护项目；组织重大信息化项目的技术论证、评估验收等工作。
处长：任世强
（四）科技标准处
负责推进本市工业、软件和信息服务业、信息化创新体系建设，研究拟订推进企业技术创新、产业技术进步的政策措施；组织实施行业技术标准和规范；指导行业质量管理工作；组织协调工业科技重大专项的实施，推动技术创新和产学研相结合；参与推进相关领域文化创意产业发展工作。
处长：林绍福
（五）布局处
研究拟订本市工业、软件和信息服务业、信息化布局规划，并组织实施;指导和协调工业开发区的建设与发展，参与拟订促进开发区发展的相关政策；指导工业开发区发展规划和产业定位，推进园区基础设施配套和服务体系建设；推进工业开发区的资源节约和生态建设；组织实施污染扰民工业企业搬迁工作，指导工业资源的开发利用。
处长：任世强（兼）
（六）经济运行处（央企服务处）
监测分析本市工业、软件和信息服务业、信息化运行态势，统计并发布相关信息，进行预测预警和信息引导；协调解决运行发展中的有关问题并提出政策建议；参与研究拟订物流业促进政策和措施；研究拟订和推进落实服务中央在京企业的有关政策；协调有关部门做好服务中央在京企业、推进重大项目建设等工作；开展相关产业国内经济协作和对外交流合作。
副处长：徐艳阳（主持工作）
（七）中小企业处
指导和促进本市中小企业发展；指导城镇集体企业改革，协调解决有关重大问题；推动建立完善中小企业服务体系；推进中小企业信息化建设；会同有关部门负责北京市中小企业创业投资引导基金使用的决策、监督和管理；指导中小企业开展国内外合作与交流；负责组织减轻企业负担工作。
处长：荆甫智
（八）节能与环保产业处
拟订并组织实施本市工业、软件和信息服务业、信息化领域能源节约和资源综合利用、清洁生产促进政策；参与拟订能源节约和资源综合利用、清洁生产促进规划和污染控制政策；组织拟定工业节能节水标准；组织协调相关重大示范工程和新产品、新技术、新设备、新材料的推广应用；推进环保领域相关制造业的发展。
处长：于 福
（九）基础与新材料产业处（北京市履行《禁止化学武器公约》事务办公室）
研究拟订本市基础与新材料产业中长期发展规划和重点产业调整、发展方案及政策措施；负责农药生产企业核准、农药产品生产审批和农药生产监督管理工作；承担履行《禁止化学武器公约》的组织协调工作。
副处长：张晶（主持工作）
（十）装备产业处
研究拟订本市装备产业中长期发展规划和重点产业调整、发展方案及政策措施；推进重大技术装备国产化，指导引进重大技术装备的消化创新。
处长：艾滨
（十一）汽车与交通设备产业处
研究拟订本市汽车与交通运输设备制造业的行业中长期发展规划和重点产业调整、发展方案及政策措施；推进重大技术装备国产化，指导引进重大技术装备的消化创新；组织产业的地区配套和产业链构建，推进汽车及零部件物流等相关生产性服务业的发展。
处长：杨军
（十二）都市产业处（食品产业处）
研究拟订本市都市产业、食品产业中长期发展规划和重点产业调整、发展方案及政策措施；指导食品产业布局及结构调整，统筹协调食品加工基地建设；指导协调食品产业的技术开发、装备更新、标准化建设等工作。
处长：彭其贵
（十三）生物与医药产业处
研究拟订本市生物与医药产业中长期发展规划和重点产业调整、发展方案及政策措施；监测、分析产业经济运行态势；参与推动医药物流发展；会同有关部门拟订中药产业促进政策。
副处长：孙学军
（十四）军工综合处
负责北京地区国防科技工业的综合协调；负责武器装备研制、生产和军工特殊产品的市场准入和监督管理；指导军品科研生产单位的国防科技基础工作；负责民用爆炸物品生产、流通的监督管理；负责国防科技工业相关信息统计工作。
副处长：李建波
（十五）军工运行处（核应急处）
负责北京地区武器装备科研生产运行的协调、保障；负责军工固定资产投资管理；负责北京地区地方单位军工科研项目和国防科技成果管理；负责军工安全生产监督管理；负责核应急管理。
（十六）航空航天产业处（军民结合推进处）
研究拟订本市航空航天及配套产业中长期发展规划，参与制定相关的促进政策；协调推进航空航天产业基地和重大项目建设；负责航空航天产业分析汇总工作；参与航空航天产业、企业的调整和重组；负责指导军民两用技术开发与产业化工作。
处长：杜涛
（十七）电子信息产业处
研究拟订本市电子信息产业中长期发展规划和重点产业调整、发展方案及政策措施；监测、分析产业经济运行态势；组织推进专业化招商引资工作，引导和组织相关企业开拓国内外市场，开展国际化经营和国内外交流合作；组织协调和推进行业重大项目的实施，推进相关生产性服务业的发展。
处长：陈小男
（十八）软件与信息服务业处
指导本市软件和信息服务业发展；研究拟订并组织实施软件和信息服务业中长期发展规划；组织实施软件和信息服务业的技术规范和标准；组织推进软件和信息服务业基地、园区建设；负责软件企业认定和软件产品登记；推进软件服务外包。
处长：姜广智
（十九）电子政务与信息资源处
统筹推进本市电子政务和信息资源开发利用，推动跨部门、跨行业、跨领域的互联互通和共享；组织拟订电子政务和信息资源开发利用的发展规划、年度计划和相关政策，协调推进有关试点示范工作；负责信息资源基础设施建设；负责国家机关在互联网上注册域名的审核；负责国家机关网站管理和电子政务绩效考核工作。
副处长：刘旭、水海峰
（二十）社会信息化处（信用管理处）
统筹协调本市社会信息化和信息化公共服务工作，推动城乡一体化中的信息化建设；组织拟订信息化公共服务和社区、农村信息化的发展规划、年度计划和相关政策，协调推进有关试点示范工作；统筹协调社会信用体系建设工作。
副处长：彭雪海
（二十一）经济信息化处
统筹协调本市电子商务、企业信息化等经济领域信息化推进和智能卡推广应用工作；组织拟订电子商务、企业信息化和智能卡应用的发展规划、年度计划和相关政策，协调推进有关试点示范工作；组织拟订工业化和信息化融合的政策并组织相关试点示范工作。
处长：张宇航
（二十二）网络安全处（信息化基础设施处）
负责本市网络和信息安全建设与管理工作；参与统筹规划公用通信网、互联网、广播电视网和部门专用通信网；促进电信网络、广播电视网络和计算机网络融合；协调本市信息安全和信息安全保障体系建设；指导协调信息安全技术开发；承担北京市通信保障和信息安全应急指挥部办公室工作。
处长：贾力
（二十三）镇村企业运行指导处
负责本市镇村产业的监测、统计和经济运行综合分析，协调解决运行中的有关问题；指导镇村企业发展，总结推广先进经验；指导镇村企业的技术进步和技术改造，促进产业结构调整和优化升级；负责镇村产业生产集中地（农民就业产业基地）发展和“一村一品”建设；组织开展镇村企业人才培训。
处长：王佐
（二十四）对外交流合作处
负责具体组织协调本市工业、软件和信息服务业、信息化方面的国内外交流合作、招商引资和对口支援工作；负责机关及所属单位的外事工作。
（二十五）人事教育处
负责机关及所属单位的人事、机构编制、队伍建设和外事工作；负责相关领域人力资源的合理配置。处长：刘京辉
离退休干部处
负责机关及所属单位离退休人员的管理与服务工作。处长：王志学
纪检、监察机构
按有关规定派驻。监察处长：时彩芬
