疏勒河流域地下水系统中，最重要的是中下游平原区的单层或多层的松散介质含水层系统，各系统边界特征如下：
一、玉门-踏实盆地单层结构地下水系统（Ⅱ—1—1）
与昌马、榆林洪积扇戈壁区范围基本一致，其西部边界为南截山西部的隐伏隆起，东部边界则为低铺窝基岩隆起带，南侧边界为南截山北侧东西向隐伏断裂及鹰咀山断裂，北侧边界为玉门镇-七道沟-踏实-老师兔一线戈壁与细土平原交界带。底界为N2—Qp1地层，埋深300～500m，含水介质为单一大厚度砂砾石，含水层厚度100～400m，顶界埋深20～200m，由山前向细土区埋深变浅。地下水在南部接受地表河渠水及山前侧向补给，向北径流，通过北边界入Ⅱ—1—2地下水系统。
图3-17 疏勒河流域地下水循环系统水平分区图
二、玉门-踏实盆地多层结构地下水系统（Ⅱ—1—2）
分布于玉门-踏实盆地细土区，西边界为北截山南侧隐伏断裂，东边界为青山隆起带，北边界为北山，南边界与Ⅱ—1—1系统相接。除南边界外，其他边界均为阻水边界，仅有个别狭窄通道与其他系统发生水力联系。
含水层上部潜水为薄层砂、亚砂土，顶界埋深1～20m，下部承压水含水层为砂砾石层，厚20～80m。底界为N2—Qp1地层，埋深50～150m。
不论潜水含水层还是承压水含水层自南部边界均可得到侧向径流补给。潜水自顶界既接受降凝水、灌溉水补给，又经蒸发被排泄。承压水的排泄方式主要有人工开采和顶托补给上层潜水。泉水溢出是潜水或承压水的另一种排泄方式。
该系统在青山农场通过北石河及地下径流向东与花海盆地发生水力联系，此区域第四系厚度小于50m，为地下水的流出边界。向西在双塔水库通过地表径流与水库坝下渗漏与安西-敦煌盆地发生水力联系，为地下水的流出边界。
三、安西-敦煌盆地单层结构地下水系统（Ⅲ—1—1）
分布于北截山北麓及党河洪积扇戈壁区。南部边界为北截山山前断裂，北部边界为安西-敦煌绿洲南部边缘，东西边界分别止于双塔水库和库穆塔格沙漠。底界为N2—Qp1地层，埋深200～300m，含水介质为单一大厚度砂砾石、砂碎石，含水层厚度100～200m，顶界埋深30～150m，由山前向细土区埋深变浅。地下水在南部接受地表河渠水及山前侧向补给，北部径流入细土平原区。
四、安西-敦煌盆地多层结构地下水系统（Ⅲ—1—2）
分布于安西-敦煌的人工绿洲和天然绿洲区。东边界至双塔水库疏勒河河道，南边界与戈壁相接，西边界止于库穆塔格沙漠，北边界到疏勒河北侧隐伏断裂。顶界为Qp3—Qh砂及亚砂土，埋深3～30m，底界为N2—Qp1砂砾岩，埋深120～250m。
南部边界为径流边界，北侧边界为阻水边界。东部边界为狭窄的进水通道，西部为流出边界。灌区内潜水自顶界既接受降凝水、灌溉水补给，又经蒸发被排泄，承压水的排泄方式主要有人工开采和顶托补给上层潜水。荒区内通过顶界的蒸发起主导作用。
五、花海盆地单层结构地下水系统（Ⅲ—2—1）
分布于花海盆地南部戈壁区。东部边界为断山口河基底隆起，与金塔盆地衔接，西南部边界为宽滩山山前北西向隐伏断裂，北部大致以花海乡-三九公司农场为界。东、南、西边界为阻水边界。顶界埋深10～100m，底界埋深300～400m。地下水补给以河渠水入渗为主，排泄以侧向径流为主。
六、花海盆地多层结构地下水系统（Ⅲ—2—2）
北部边界为北山，为阻水边界。西部边界有自青山断面的地下潜流进入。东部边界至干海子，为地下水径流终端。南边界有来自戈壁潜水系统的径流补给。顶界为Qp3—Qh地层，埋深0～30m，底界为N2—Qp1地层，埋深130～180m。
上部潜水经过入渗、蒸发等作用与外界发生水量转换，深部承压水接受南部径流补给后又顶托补给上部潜水。