1选料：一般选用新鲜毛肚或干制毛肚。新鲜毛肚即是直接割取下来的毛肚；而干制毛肚实为盐渍毛肚，它是把新鲜毛肚用盐腌渍出水分后略风干制成，这样更利于贮藏和运输。
2处理：新鲜毛肚洗净黏液，刮去粗膜，即可。而干制毛肚则是须先将其盐分漂净，除去杂质，整理干净后，再放入清水中泡涨(吸收部分水分)。
3选用生物酶
因酶具有高度的专一性，而用生物酶发毛肚主要是将蛋白质水解，使毛肚嫩化，故只能选用水解蛋白酶来作为酶制剂。在食品工业中运用最多的水解蛋白酶是植物蛋白酶中的木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶和无花果蛋白酶，它们获取相对容易，价格也相对便宜。目前，人们对木瓜蛋白酶研究得最多，并且它的热稳定性较高，专一性较为宽泛。因此，发制毛肚时，我们锁定为木瓜蛋白酶。
4对制木瓜蛋白酶溶液
将木瓜蛋白酶按1%～1.5%的比例对入清水中。注意：这里所使用的木瓜蛋白酶为100%纯度的，呈粉末状，故用量很少；操作时，避免用手直接接触高纯度的木瓜蛋白酶，否则皮肤也会被酶解；另外，还要防止木瓜蛋白酶失去活性(应在低温下保存)，否则失去活性的木瓜蛋白酶对毛肚也起不到任何作用，这是因为酶本身就是一种蛋白质，也可发生变性，酶发生不可逆变性后，则完全丧失活性。
5发制毛肚
将初步处理过的毛肚放入木瓜蛋白酶溶液中，在常温下浸泡10～20分钟，捞出，用清水漂洗干净，即可。注意：厚大的毛肚发制时间可稍长，酶溶液的浓度可稍高，而薄小的发制时间可稍短，酶溶液的浓度可稍低，这样可以使毛肚的发制程度一致；将发好的毛肚漂净是为了避免酶继续作用于毛肚，使毛肚过度嫩化而糜烂。
发好的毛肚可直接涮烫后食用，但其内部水分却很容易渗出损失(与碱发毛肚一样)，造成毛肚不脆。其实，毛肚致脆的关键是在于内部要有足够的水分，并且在涮烫时还要保持住，不易损失。因此，还要对发好的毛肚进行保水处理。
1选择保水剂
在食品工业中一般用聚磷酸盐作为保水剂，它属于食品添加剂中品质改良剂的范畴。一般用于毛肚的保水剂有三聚磷酸钠和焦磷酸钠。以上两种原料均能把蛋白质中的羧基释放出来，而羧基间的静电作用，又能使蛋白质的结构松驰，并可吸收大量水分，另外，还可使毛肚的PH值增加，提高毛肚的持水性。
2保水致脆
将发好漂净的毛肚放入一盆内，加入少许清水(以刚好淹没毛肚为度)，再按总重量(毛肚和水)的2‰加入三聚磷酸钠、1‰加入焦磷酸钠后，搅拌均匀，浸泡2小时即可。注意：上述两种保水剂的添加比例已经是它们被允许添加的最大用量；若是毛肚不急于使用，应继续浸泡在保水剂溶液里放入冰箱冷藏室保存。
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