美军开始定的目标是广岛、长崎、京都、小仓四座城．后来美军出于人道主义考虑把京都从目标中划除,确定第一目标广岛,第二目标小仓,第三目标长崎．美军开始想在小仓投放第二颗原子弹由于当天小仓云层过厚,无法投弹,所以飞行员紧急改飞长崎,飞到长崎后同样是多云天气,机长下令雷达投弹,但云层突然裂开一条缝,下面是长崎的第二目标三菱重工,所以美军毫不迟疑投弹.引爆原子弹.天要灭长崎,谁也没办法．
当时广岛是日军第二方面军司令部驻地,集结了实力可观的防御部队,而长崎是日本当时的工业中心,有两个重要的兵工厂．两个城市的兵工厂和部队配置与市中心．小仓也是日本重要的军事基地和工业基地．至于东京,1945年3月开始的李梅火攻已烧毁东京大部分建筑,第一次李梅火攻出动335架B-29,投弹2339吨,使整个东京东区只有3根电线杆还站着.死6万,伤10万,失踪8万,所以对东京投掷原子弹价值不大,其次,原子弹在东京爆炸可能会伤害到天皇,天皇是美国重点”保护动物“用麦克阿瑟的话说”还有用处“,杜立特第一次轰炸东京就下令机组严禁轰炸东京皇宫,因为他在1940年不列颠之战中在伦敦,亲眼目睹白金汉宫被炸后英国的愤慨.现在同样,美军即将在日本本土登陆,美军担心杀掉天皇会激起日本的怒火,使美军伤亡加大.从以上原因不能轰炸东京．
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