种蛋收集后，立即装盘上架，在专用的熏蒸室内，按每立方米容积加福尔马林42毫升、高锰酸钾21克的比例，将福尔马林倒入盛有高锰酸钾干粉的容器中，熏蒸30分钟。熏蒸时关严门窗，保持温度24℃以上，湿度75%以上，熏后排出气体。为了防止种蛋在保存期间又被污染，在入孵升温前可用同样的方法再消毒一次，用药量减少1/3。
种蛋消毒除用熏蒸法外，完全可以采用喷雾法进行。方法是将5%的新洁尔灭配制成0.1%的溶液（水与5%新洁尔灭之比为50∶1），均匀喷洒在种蛋表面。采用过氧乙酸消毒时，将20%的过氧乙酸配制成0.1%的溶液，均匀喷洒在种蛋表面。上述两种消毒液的使用效果良好，能有效杀灭细菌、真菌和病毒。
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