1628年（崇祯元年），崇祯皇帝召见袁崇焕，袁崇焕表明自己五年可以平辽。崇祯大喜过望，对他大加赞赏。任命袁崇焕为兵部尚书，赐与尚方宝剑。在当时财政捉襟见肘，内忧外患的情况下，崇祯皇帝依然命令户部，工部，吏部，兵部全力配合袁崇焕，托付他收复全辽的重任。
袁崇焕也确实是个人才。他曾在天启年间率孤军死守宁远城，先后取得宁远大捷，宁锦大捷，一时将威震辽东。
据说努尔哈赤也是因为被袁崇焕巨炮所伤，救治无效而亡。
在那之后，袁崇焕遭魏忠贤的阉党弹劾，辞官归乡。直到崇祯铲除魏忠贤后才被重新启用。
1629年，袁崇焕第一次展示了尚方宝剑的威力，他擅自诛杀边关大将毛文龙，毛文龙可是立过不少战功的名将。他的部队驻扎在皮岛。处在明，后金，朝鲜三方势力的核心处，战略位置十分重要。
毛文龙死后过了两年，他的部下孔有德，耿仲明，尚可喜发动了兵变，投降后金。
袁崇焕曾上疏崇祯说，宁锦防线坚固，皇太极打不破。但是他会以蒙古为向导，突破长城 直接来威胁北京。
但是，袁崇焕的两次上疏，都没有引起崇祯皇帝的足够重视。不幸的后果被袁崇焕说中了。
1629年11月，后金遭遇天灾饥荒，走投无路的皇太极兵行险招。亲自率领8万大军，联合蒙古骑兵，避开袁崇焕防守的关宁锦防线，绕道蒙古地区，突袭明长城的脆弱隘口，长驱直入进攻北京。
大明朝堂震惊，崇祯皇帝急令各地军马入京勤王。
1十一月初二，山海关总兵在遵化遭到埋伏，全军覆没。
1十一月初四，皇太极向西急行进军1一百里，攻陷迁安，威胁永平，抚宁。
这时候，袁崇焕已经率领20000“关宁铁骑”入关。“关宁铁骑”与汉武帝的重装骑兵，曹操的虎豹营，李世民的玄甲军，岳飞的背嵬军，被称为“华夏历史上五大精锐骑兵”。也是当时唯一一支能与八旗骑兵正面硬刚的部队。
1十一月初七，袁崇焕亲率9000骑兵进入蓟州。
蓟州是横在中化与通州之间的屏障，距离北京东郊通州约140里。袁崇焕想把后金的军队堵在蓟州。
十一月十四日，皇太极却悄悄地绕过蓟州，然后又绕道通州，直奔北京而去。
面对逼近的后金，崇祯已经乱了方寸。在大臣们的一片反对声中，紧急启用了年过七旬的孙承宗处理北京防务。
这个时候，一共有四镇的明君前来勤王。除袁崇焕驻扎蓟州以外，昌平总兵尤世威驻扎密云，大同总兵满桂驻扎顺义，宣府总兵侯世禄驻扎三河。
为了加强北京城防。崇祯皇帝下令，在京官员，皇亲国戚，都要带着自己的家丁到城墙上巡逻守卫，他还让太监参加守城。同时，命令大同总兵满桂，宣府总兵侯世禄率兵来到北京德胜门外扎营。
1629年11月20日，八旗军兵临北京城下。紧接着，八旗军与蒙古兵联手向德胜门外的明军发起猛攻，侯世禄的部队被一击即溃，只剩下满桂率军力战，最终满桂身受重伤败退。
与此同时，皇太极派莽古尔泰，阿济格，多尔衮，多铎，豪格等率军在广渠门迎击袁崇焕的关宁铁骑。
袁崇焕以及祖大寿，带着先抵达的5000关宁铁骑与八旗兵在广渠门外大战几个小时，后来4000掉队的骑兵赶到，前后夹击，大败八旗军。
之后，袁崇焕请求带兵入城补给休整，遭到崇祯拒绝，只得继续在北京城外露宿。
之后，皇太极又陆续对广渠门，左安门发起进攻，却始终不能战胜袁崇焕。
于是他开始转而使用反间计 ，使袁崇焕遭到崇祯的猜忌。
当时，北京城外皇亲国戚，勋贵大臣的庄园土地被后金军蹂躏殆尽。所以他们对袁崇焕极度不满，也纷纷向朝廷状告袁崇焕。
崇祯皇帝派人用箩筐把袁崇焕接到了城中，然后把他逮捕。
之后明军屡战屡败，总兵满桂战死。崇祯一度准备撤出京师，被朝臣们劝阻。
皇太极见此次南下的目的已经达到，便沿途劫掠一番，于次年正月撤兵北去。
袁崇焕被捕，祖大寿惊慌失措，立刻逃回锦州。
1630年8月，崇祯皇帝以擅自杀害毛文龙，通敌卖国等罪名，下令凌迟处死袁崇焕。京城百姓也认定袁崇焕通敌卖国，纷纷向他吐口水，扔菜叶。
袁崇焕被割三千刀，刽子手们每割一块肉，百姓们付钱争抢，买来生吃。
袁崇焕的家人被流放三千里，并抄没家产。然而在袁崇焕家里并没有抄到钱财。
对于袁崇焕来说，最痛苦的不是来自肉体，而是心理上的折磨。崇祯皇帝认为袁崇焕通敌卖国，可是后来的事实证明，袁崇焕肯定是没有通敌的，清朝乾隆皇帝最终为他平反了。乾隆皇帝认为，“袁崇焕督师蓟、辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事。彼时主昏政暗，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻。”他只是被朝中的小人所害，崇祯帝自己误信奸佞。
袁崇焕在自己生命的最后一刻，仍然为大明王朝尽心尽力。有绝命诗为证:“一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。”
