仙剑一
①原版结局：拜月被打败后，强行与水魔兽合体，造成南诏国洪水滔天。灵儿履行她女娲族的使命，为拯救天下苍生，手持天蛇杖飞上半空，凝聚全身力量，毅然向水魔兽冲去。霎时间，一团白光照亮天地，灵儿与水魔兽同归于尽。洪水退去，而受灾后的南诏国，却只剩下断壁残垣。天空放晴，在金色的阳光下，天蛇杖缓缓而落。天蛇杖在阳光中闪闪发光，却久久不见灵儿归来，逍遥悲痛欲绝。落日的余辉下，逍遥辞别阿奴，踏上返乡之路。一缕笛音传至整个山间，阿奴黯然神伤地吹笛为他送行，也送走了她的心。风雪茫茫，逍遥举步为艰。迷茫间，远远看见雪中的一棵大树下，一个熟悉的身影在默默守候。原来是月如手撑一伞，怀抱忆如，深情地望着逍遥，等待着他归来……
②新仙剑灵儿结局：拜月被打败后，强行与水魔兽合体，造成南诏国洪水滔天。灵儿履行她女娲族的使命，为拯救天下苍生，手持天蛇杖飞上半空，封印拜月，毅然向水魔兽冲去，水魔兽被消灭。而受灾后的南诏国，却只剩下断壁残垣。在落日的余辉映照中，天蛇杖缓缓而落，阳光照在天蛇杖上，逍遥在高崖上等待着灵儿归来，微风拂过，逍遥和灵儿深情地对望着……八年后的仙灵岛上，李忆如正在和小草妖玩捉迷藏，而水月宫里李大娘则正为找不到调皮捣蛋的小忆如而着急生气。水月宫外，逍遥和灵儿回忆着往昔，不禁感慨万千，逍遥说只愿永远和灵儿厮守在一起。后来淘气的忆如回来，父女俩斗嘴，灵儿劝。忆如回到房间拿出了她画的李氏全家福：爹、娘、婶婆和忆如，一家人其乐融融……
③新仙剑月如结局：（之前内容与正常结局相同）八年后的一天，已继任蜀山仙剑派掌门的李逍遥回到苏州林家堡探亲，李忆如却忽然被人绑走！逍遥紧追至隐龙窟蛇妖府内，发现一高一矮两位蒙面女子。蒙面人口气不小，但含糊其辞，逍遥识破两名蒙面人是忆如与丫鬟所扮，显得很生气。不料，八年前因逍遥而入狱的扬州女飞贼姬三娘突然出现，还企图再次勾引逍遥。后来才知，姬三娘竟是林月如假扮的！原来，月如和忆如责怪李逍遥担任蜀山掌门以来，很久没有回去看她们，误以为他忘了她俩。两人一气之下，装成女贼，计划恶整逍遥。三人在欢笑中和解，逍遥答应月如与忆如，大家以后永不分离……
仙剑二
三人加速前往开封。来到开封郊外，忆如拿出隐蛊，让三人潜入城中。来到摩诃寺院。发现苏媚和千叶，喻南松在一起，似乎收了伤，三人便隐在一旁看个究竟。从他们的对话中明白，原来下毒的是千叶，而且喻南松也有份，千叶是想统一人魔两界。小虎上去痛斥，喻南松便上来动手，打败他后，千叶将众人封到了禁咒空间里，喻南松伤重而死，死前总算是明白了。而苏媚为了将大家救出去，将众人迷倒，自己破了青龙，白虎，朱雀，玄武四阵将大家救出，自己却下落不明（喻南松说要破阵的人必须要死）。
迷药失效后，众人出来寻找苏媚，发现寺外乌云密布，大家觉得不妙便马上寻找千叶，在寺庙里，发现了啸狼，二话不说就打。打倒之后，再往里走，发现千叶将魔器的力量全纳为己有，威力无披，众人不敌。就在千叶准备杀小虎时，传来一女声：“女娲娘娘啊，请救救这些无助的人吧。”无数祥光照在众人身上，小虎等的伤全好了，而千叶却现出了魔身。一番打斗，正义战胜了邪恶，天下太平。
三件魔器中的两个交给了清柔师太保管，回魂珠则被忆如带走救活了月如，一家回仙灵岛团圆。而小虎和欺霜坚信苏媚未死，从此携手浪迹江湖寻找苏媚。此时，天蛇杖散发着明亮温柔的光芒。而在小虎和欺霜离开峨眉山的时候，一只狐狸在他们身后默默地看着……
仙剑奇侠传三游戏上有五种结局：
结局1：紫萱结局（前提是紫萱的好感度为最高）。
四长老死前将掌门之位传给长卿，紫萱明白已经没有希望跟长卿长相厮守，便将一直在体内苦炼的内丹吐给长卿，让长卿飞升成仙。紫萱正准备牺牲自己，用五灵珠来修补锁妖塔时，重楼及时出现救下紫萱，并耗费自己的魔力将锁妖塔修补成功，然后重楼也失去了力量，在数年内都将是一个普通人类。重楼定下了与景天决斗的约会，便扬长而去，不愧是“仙剑三”中最潇洒的男人！数年后在女娲遗址，重楼在紫萱的家门口找到景天，这几年来景天就住在距离紫萱家半里之外的地方，并不时过来照料紫萱和她与长卿前世生下的女儿。重楼约景天稍后去他家饮酒，便先行离去，而雪见或龙葵的下落交待不详。
结局2：花楹结局（前提是花楹的好感度为最高）。
在铸剑厅时景天选择了魔剑，雪见牺牲。紫萱为修补锁妖塔牺牲了自己，迟来一步的重楼怒不可遏，想将蜀山毁灭以发泄胸中怒火，龙葵上前阻止重楼，却被气头上的重楼一击打死。但是重楼立刻醒悟过来，虽然表面上仍然不可接近，但马上施法将龙葵复活，顺便还将两个龙葵分离开来作为致歉。数年后，龙葵返回古城镇去（原因不详），景天一个人在江湖中流浪，偶遇小女孩形象的花楹，二人从此结伴行走江湖。
如果以上两种结局没有出现，将会出现重楼挟持雪见或龙葵（谁活着就是谁）要求景天前往新仙界与他决斗的剧情。御剑飞往新仙界，与雪见或龙葵谈过话去找重楼。新仙界分为两层，迷宫非常简单，第一层的传送点在东南角上。来到第二层，直接从平台西北角上的阶梯走上去，一条路走到头就可以到达第三层，与重楼的决斗当然最困难，第一次打倒重楼后他会变身，战斗力更加恐怖，而我方只有景天一人。无论如何，全力去争取胜利吧！因为只有战胜重楼，才会迎来最后的大团圆结局！
结局
3：雪见结局（前提是雪见好感度最高，铸剑厅时龙葵牺牲，最后的决斗输给楼）。决斗失败之后景天返回人间，到处寻找雪见，数年之后，终于在二人曾经约定的渝州竹林相遇，这时雪见身边还有一位小女孩，竟然就像是转世投胎后的龙葵……
结局
4：龙葵结局（前提是龙葵好感度最高，铸剑厅时雪见牺牲，最后的决斗输给重楼）。决斗失败之后景天返回人间，而龙葵体内那妖媚的另一半也主动离开，因为景天已经足够可以保护龙葵。临走之前，她叮嘱龙葵道：“喜欢他就一定要说出来……”
5：完美团圆结局（前提是最后的决斗必须战胜重楼）。
最终景天在招式上胜了一招，重楼很是欣慰，以复活在铸剑厅死去的龙葵（或雪见）作为自己对朋友的心意，这二人今后想必会无休止地友好战斗下去吧！而景天携雪见与两个龙葵返回渝州当铺，在人间过起了幸福而又平凡的生活……
仙剑奇侠传三外传·问情篇
结局取决场景：酒鬼司徒钟被赶下蜀山后，南宫煌去花圃找王蓬絮聊天。聊天这段剧情是结局取决的关键，本段剧情之后，结局基本已定。另外，“五灵宗师”称谓与游戏结局无关，与结局真正有关的是摄灵法阵的使用次数以及女主角的好感度，而且结局和人物好感度是相反的。
1、温慧结局
取决条件：王蓬絮的好感度高于温慧。南宫煌去花圃找王蓬絮聊天时，王蓬絮用五毒珠帮南宫煌解毒。最后王蓬絮变成五毒兽独自离去，雷元戈加入队伍。
决战队员：南宫煌、温慧、星璇、雷元戈。决战之后雷元戈、星璇相继牺牲。
结局剧情：燎日袭击温慧，雷元戈突然出现，为了保护温慧而牺牲了自己。大战结束后，悲伤的温慧最终远嫁室韦族，当南宫煌在塞外的草原行走时，发现了岩石上有王蓬絮写给自己的“情”字，然后他看见了被一群小孩抓住的小桃子，南宫煌将其救出，带着小桃子（王蓬絮）跑到室韦族，当了国师……
2、王蓬絮结局
取决条件：温慧的好感度高于王蓬絮，摄灵法阵使用不足360次。最后王蓬絮加入队伍，雷元戈独自离去。
决战队员：南宫煌、温慧、星璇、王蓬絮。最终思堂、星璇相继牺牲，后南宫煌帮星璇还魂。
结局剧情：燎日变身，并向王蓬絮发动攻击，星璇舍命相救，危急时刻思堂为了保护星璇而牺牲了自己。战胜燎火炙日兽后其妄图强占温慧的身体，星璇主动提出与燎日合体，虽然战胜了燎日的意识，但是星璇也牺牲了自己。大战结束后，南宫煌与温慧结成侠侣，行走江湖，而王蓬絮则一直守候在星璇的墓前。南宫煌使用招魂法术，经过寒暑数载，终于成功地召回星璇之魂，使其能在人间生活，并与王蓬絮结成一对。从此两兄弟一起招摇过市，不亦快哉！
3、隐藏结局
取决条件：温慧的好感度高于王蓬絮，摄灵法阵使用360次以上。最后王蓬絮加入队伍，雷元戈独自离去。
决战队员：南宫煌、温慧、星璇、王蓬絮。最终思堂为救星璇而牺牲。
结局剧情：燎日变身，并向王蓬絮发动攻击，星璇舍命相救，危急时刻思堂为了保护星璇而牺牲了自己。战胜燎日后，王蓬絮牺牲自己的修行，用五毒珠治好了星璇，星璇也可以来到人间，与南宫煌一家人一起生活，而王蓬絮虽然每天只能有一刻变回人形，但是只要坚持修行，很快便可以恢复。从此南宫煌、星璇、温慧、王蓬絮变的小桃子以及老爹常纪，一家人幸福地生活在一起。
仙剑四
在射毁了琼华派后，云天河由于逆天改命而瞎了双眼，而韩菱纱仍然深爱着他，愿意照顾他，两人顺理成章地结为夫妻。若干年后菱纱先死，天河为她立墓筑碑，而再过若干年，天河也死了，他的墓碑上没有文字，但碑前的剑已经说明了他的身份和生前的一切。慕容紫英已成剑仙，但不忘四人情义，带着柳梦璃的傀儡在两人的墓边守足了百年。终于一日梦璃归来，却只从紫英那里听说天河和菱纱早已故去，两人百年寂寞都是空等，四人终究无法再次聚首，惟有各自一叹惘然。梦璃一脸悲伤地来到云韩两人墓前，突然却见风把旁边草庐的门吹开……朦胧间，她觉得是天河推开门与她相见，天河仍然是他们初次邂逅时的样子，脸上没有一丝沧桑，仿佛是刚刚睡醒的孩子。
仙剑五
姜世离心中仇恨不灭，更想破除锁妖塔封印带领众人回到魔界生活。当封印破除后，魔翳带着夜叉族人来到地面，姜世离这才明白，自己一直以来被魔翳利用，只是他的计划中的一颗棋子。被利用的姜世离因为使用神器而元气大伤，无法与魔翳争斗。于是姜云凡、小蛮和龙幽，与魔翳为敌。打倒湮世穹兵之后，魔翳和湮世穹兵合体准备进行最后一战，这个时候姜云凡、龙幽和小蛮都没有力气再战，眼看合体后的湮世穹兵要砍到他们。这个时候姜世离出现，替他们挡住了这一击，并且冲进湮世穹兵体内，和湮世穹兵还有魔翳一起同归于尽。最后姜世离、湮世穹兵消失在虚空中，魔翳落下，口中念念不忘夜叉族，龙幽安慰其说，他会做好一个王，魔翳心安离去。
之后，龙幽以夜叉王的身份命令夜叉族停止战斗，回到魔界，姜云凡以净天教少主的身份命令净天教停止战斗，保护蜀山，一场浩劫就此避免。
蜀山大战之后，净天教有三成的人愿意留在蜀山，其他人希望前往魔界，而血手因为姜世离生死未卜，决定生要见人，死要见尸。而海棠夫人这个时候出现，告诉姜云凡，那块血玉并未失去灵气，或许有一个温暖的灵魂在里面吧（唐雨柔），从此之后姜云凡一直带着那个血玉。
这个时候太武掌门找到众人，告诉姜云凡，魔族虽退但是神魔之井打开，必须封印，众人决定沉掉蜀山来封印神魔之井，修复封印需要八个人，蜀山七圣之外还少一个，希望姜云凡能够胜任。封印之后，任何法术都无法通过，封印之初甚为脆弱，需要八个人千年守护这封印。封印后，意味着龙幽的传送法术也无法通过，答应魔翳做好夜叉族王的龙幽沉默了，小蛮才明白自己的心意，但是无法改变这个现实，含泪施法帮助魔界恢复水源。魔界大旱得以解决。
尘归尘，土归土，一切野心与爱恨情仇就此落定。虽然唐雨柔走了，但是她是为了自己的那份爱，舍身为爱，虽然龙幽和小蛮被神魔之井隔在人魔两界，但是两个都是为了自己的使命和族人。
三皇台，封印旁，姜云凡和姜世离的守护兽戾枭守着封印，突然血玉一闪，有一个熟悉的声音在呼唤着云凡。
仙剑五前
净天教进攻锁妖塔行动失败，返回净天教总坛，四大家族也返攻上山。当枯木与龙幽交谈之时被唐风发现，刺杀了枯木结果被净天教众人发现，最后被姜世离关押在地牢中。
此时枯木已经觉得那具身体即将陨灭而瑕的到来给了他新宿体。当枯木寻找宿体时碰见夏侯彰，而枯木现出身份——夏侯韬。杀了夏侯彰与其随从后，夏侯瑾轩赶到，发现枯木与二叔竟是同一人。枯木解释瑕与夏侯韬是他附身的人选，他们只是他在人界的宿体。本身瑕在十六年前的大地动里已经死去，因为附魂玉在瑕体内才能使瑕存活。当众人打败枯木之后，枯木施展招数假攻夏侯瑾轩，瑕为了保护夏侯瑾轩而丧命。枯木被暮菖兰刺中倒下，魂魄飞离。
三人随后来到司云崖准备安葬瑕，谁知枯木魂魄忽然附身到瑕的身体，刺伤瑾轩与暮菖兰。瑾轩因瑕之前所赠之玉挡住而保住性命，暮菖兰却因此重伤。瑾轩只能孤身一人去找被枯木附身的瑕，并承诺暮菖兰无论生死一定会将瑕带回来，随后找到了枯木。枯木向瑾轩道出了他策划的整个阴谋，瑾轩与其交战。最终瑕魂魄还有一丝残存使枯木不能施展法术，为了人间的安宁，瑾轩不得已痛苦的用瑕的剑刺向了瑕的身体，瑕的魂魄最终苏醒过来，用自己最后的力气将瑾轩推开致使他不落入悬崖，掉下了山崖。瑾轩落地后，看到瑕落下去后立马跳下山崖，拼命地想抓住瑕的手。随后暮菖兰赶到，崖上却只见一只破碎的毛笔，再不见夏侯瑾轩和瑕。
续：之后数月，净天教被四大家族和蜀山派围攻失陷，姜世离被封印，血手将神农鼎送往魔界随后被青石、玉书打败。唐风将其女唐雨柔交付给草谷医治。夏侯家因两位门主的去世与少主失踪最后由远房接管逐渐败落。而皇甫卓成为皇甫门主并扶持欧阳家。欧阳倩隐居苍木山，为其子取名姜云凡。暮菖兰一直在等夏侯瑾轩与瑕的归来。当暮菖兰再次来到司云崖来看望他们的时候，突然听到背后有匆匆的脚步声，难道……
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