有区别。海口站是海口火车站，在近郊，一般的大陆来的火车就停在海口站，而海口东站是高铁站，在市区。每一班高铁都到东站，只有少数高铁到海口站。
海口站：位于海南省海口市秀英区粤海大道是原来的海口火车站。
海口东站：设在龙昆南路和凤翔路交叉路口处。周边站台为山高村口站，也就是山高村那里， 周围有187医院和海南省武警总队！
公交线路：35路，全程约29.6公里
1、从海口东站步行约460米,到达山高村口站
2、乘坐35路,经过41站, 到达火车站
3、步行约120米,到达海口火车站
海口站地处海口西部海滨，是我国第一座列车渡海联运铁路站，被誉为全国第一个生态型铁路站，距离茂名东站399公里，距离广州站760公里。同时也是广场面积最大的一个车站之一。海口站广场东西长约480m，南北宽约326m，呈狭长型，面积超过150000㎡，绿地面积比例超过60%，是海口新的"城市标志"。
海口东站是位于海南省海口市的火车客运站，是海南东环高铁的其中一个车站。隶属广州铁路(集团)公司粤海铁路公司管辖，现为一等站。该车站共有6个站台，两个检票口。