需要当事人协议选择其中一个仲裁机构，如果进行选择的，仲裁协议有效，如果无法选择，则仲裁协议无效。
法律分析
仲裁协议虽约定两个以上的仲裁机构，但当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁的。对此，最高人民法院《关于适用<中华人民共和国仲裁法>若干问题的解释》第五条作出了明确的规定，中国法院的司法实践亦不乏相关案例。比如，在河南省平顶山市中级人民法院审理的申请人天祝藏族自治县康弘硅业有限公司与被申请人平高集团有限公司申请撤销仲裁裁决一案中，平顶山市中级人民法院即认为，涉案仲裁协议虽约定了两个仲裁机构，但在平顶山仲裁委员会受理平高集团公司的仲裁申请后，申请人在其向平顶山仲裁委员会发出的信函中表示愿意遵守仲裁规则接受仲裁裁决，应当视为双方当事人对选择平顶山仲裁委员会作为仲裁机构达成了一致的补充意见，根据最高人民法院的司法解释，涉案仲裁协议应为有效。
第二，仲裁协议虽约定两个以上的仲裁机构，但一方申请仲裁时，仲裁机构是唯一明确的。比如，在枣庄市新时代城市基础设施发展有限公司与深圳市黑驹艺术设计有限公司确认仲裁协议效力一案中，最高人民法院即认为，双方签订的涉案仲裁协议也即“凡因本合同或与本合同有关的一切争议，由双方协商解决；协商不成的，发包方提交枣庄仲裁委员会仲裁。承包方提交中国国际经济贸易仲裁委员会华南分会，提请仲裁对双方有约束力”虽然涉及两个仲裁机构，但从其表述看，无论是发包方还是承包方申请人仲裁，其指向的仲裁机构均是明确唯一的。因此，双方关于仲裁协议的约定应认定为有效。在此之前，最高人民法院在深圳市粮食集团有限公司与来宝资源有限公司（新加坡）买卖合同纠纷一案中也认为，双方当事人在主合同中订立的仲裁协议，也即“由合同履行引起的争议，任何一方可提交仲裁，如果被告是买方，争议提交香港国际仲裁中心；如果被告是卖方，争议提交给伦敦谷物与饲料贸易协会仲裁。由合同引起的争议均按照英国法解决”虽然涉及两个仲裁机构，但从其具体表述看，无论是买方还是卖方申请仲裁，其指向的仲裁机构均是明确的且只有一个，故该仲裁协议应认定有效。
法律依据
《中华人民共和国仲裁法》第十八 仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确的，当事人可以补充协议；达不成补充协议的，仲裁协议无效。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第六条 仲裁协议约定由某地的仲裁机构仲裁且该地仅有一个仲裁机构的，该仲裁机构视为约定的仲裁机构。该地有两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁；当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。
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