安徽省农村饮水安全工程的规划与建设工作由县级以上人民政府水行政主管部门主导，与发展改革、卫生等部门共同负责。他们在编制规划时，需遵循城乡一体化发展的原则，优先考虑规模化集中供水工程，以提升供水效率和效益。规划经政府批准后，任何修改都必须按照原批准程序进行。
对于国家投资为主的工程，建设单位由县级政府指定。日供水量超过1000立方米或服务人口超过1万人的项目，需按照基本建设程序进行严格的建设和管理。而其他工程则参照此程序进行。农村饮水安全工程的入户部分，由农户自筹资金，由建设单位或供水单位统一组织施工。
在工程开工前，建设单位会在项目所在地公示相关信息，包括工程规模、资金来源、农户承担费用、工程概述及建设周期等。所有工程的勘察、设计、施工和监理工作，必须遵循国家的技术标准和规范，确保材料和设备的质量。
工程竣工后，需按照国家和省级规定进行验收，未通过验收或验收不合格的工程不得投入使用。国家投资的项目验收合格后，政府会组织相关部门进行资产清查，明确所有权、管理权和经营权，并办理交接手续。
关于所有权分配，国家投资的集中供水工程归国家所有；集体和个人共同投资的，所有权按出资比例共有；由国家补助、社会资助和农户建设的分散供水工程，则归农户所有。对于第一类集中供水工程，可以通过承包、租赁等方式转让经营权，所得收益用于工程建设和运行管理。
为加强农村饮水安全工程管理，保障农村饮水安全，根据《中华人民共和国水法》等有关法律法规，制定《安徽省农村饮水安全工程管理办法》。该《办法》经2012年2月3日安徽省人民政府第92次常务会议通过，2012年2月29日安徽省人民政府令第238号公布。《办法》分总则、规划与建设、供水与用水、安全管理、扶持措施、法律责任、附则7章43条，自2012年5月1日起施行。