南京医科大学的专业有：临床医学专业、口腔医学专业、康复治疗学专业等。
1、临床医学专业
该专业学生主要学习医学方面的基础理论和基本知识，人类疾病的诊断、治疗、预防方面的基本训练。具有对人类疾病的病因、发病机制作出分类鉴别的能力。临床医学专业培养具备基础医学、临床医学的基本理论和医疗预防的基本技能，能在医疗卫生单位、医学科研等部门从事医疗及预防、医学料研等方面工作的医学高级专门人才。
2、口腔医学专业
口腔医学专业学生主要学习口腔医学的基本理论和基本知识，受到口腔及颌面部疾病的诊断、治疗、预防方面的训练，具有口腔常见病、多发病的诊疗、修复和预防保健的基本能力。
3、康复治疗学专业
要求学生掌握基础医学、临床医学和康复治疗学以及中国传统康复治疗学的基本理论和基本知识，熟练地掌握康复治疗学的基本技能，具有较牢固的康复治疗学专业基础，能够从事康复各科的治疗工作、康复医学的教学和研究工作，以及社区康复与预防工作。
南京医科大学设有临床医学，口腔医学，医学影像学，儿科学，精神医学，眼视光医学，预防医学，法医学，基础医学，生物医学工程等专业。
南京医科大学（Nanjing Medical University），位于江苏省南京市，是教育部、中华人民共和国国家卫生健康委员会、江苏省人民政府共建高校和江苏高水平大学建设高校，是国家“双一流”建设高校， 是教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校。
国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、国家“特色重点学科项目”建设高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、江苏省高层次人才培养计划“333工程”培训基地，长三角医学教育联盟创始成员。
学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。
截至2022年2月，学校建有江宁校区、五台校区以及康达学院连云港校区；设有19个学院，开设25个本科专业；拥有25所附属医院和50多所教学医院；拥有博士后科研流动站6个、一级学科博士学位授权点8个、二级学科博士学位授权点54个。
交叉学科博士学位授权点5个、专业博士学位授权点2个、一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点65个；有在职教职工1900多人，在校学生总数近2万人。