根据上述职责，自治区水利厅设11个内设机构。
（一）办公室。
协助厅领导对全厅工作进行综合协调，组织机关日常工作，负责文秘、机要、档案、机关内部规章制度建设等；承担宣传、保密、信访、政务公开、绩效考核、新闻发布、机关后勤服务指导等工作。
（二）规划计划处。
指导全区水利规划工作，拟定水长期供求计划，拟订水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划；审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告；指导水工程建设项目合规性审查工作；负责提出中央和自治区本级财政性资金安排意见，提出中央和自治区本级水利建设投资安排建议；负责水利综合统计工作。
（三）财务处。
负责编制自治区本级水利部门预、决算并负责预算的执行；承担中央和自治区本级水利建设资金的监督管理工作；承担厅机关和厅属单位国有资产、政府采购和非税收入管理工作；负责厅机关财务管理，指导全区水利行业和厅直属单位财务管理工作；研究提出预算管理、资金管理、政府采购管理、国有资产管理、价格管理、非税收入管理等制度、办法。
（四）人事处。
负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训、职称改革、出国（境）管理工作，指导厅属院校工作，指导全区水利系统干部培训工作。
（五）水资源处（自治区节约用水办公室）。
组织实施水资源论证、取水许可、水资源有偿使用等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；拟订水量分配方案和水功能区划并监督实施，负责水资源调度工作；组织编制水资源专项规划；指导饮用水水源保护、城市供水水源规划及非传统水资源开发的工作；指导入河排污口设置工作；指导计划用水和节约用水工作。
（六）政策法规处。
提出全区水利政策研究和立法项目建议；负责规范性文件的审查、解释、备案和清理工作；参与与水有关的法律、法规研究起草和协调工作；承办水利行政诉讼、行政复议、普法教育和水行政规费征收工作；实施指导水政监察和水行政执法工作；组织、协调跨设区的市、部门之间水事纠纷的调处工作。
（七）科学技术处（行政审批处）。
草拟水利科学技术发展规划；负责重要水利科学研究、水利科技成果鉴定、管理及科技推广工作；监督实施水利行业技术标准和规程规范；负责水利工程突发事件技术处理。牵头负责行政审批工作。
（八）农村水利处。
组织协调全区农田水利基本建设；指导农田灌溉节水排水、农村雨水集蓄利用、农村饮水安全及村镇供水等工程建设与管理；指导农村水利管理体制改革和农村水利社会化服务体系建设。
（九）水土保持处。
承担全区水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划、拟订水土保持管理规范性文件，并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；审批有关项目的水土保持方案并监督实施，组织水土保持设施验收工作；对水土保持法律、法规的执行情况实施监督；承担水土保持委员会日常工作。
（十）安全监督处。
依法对全区水利行业安全生产工作实施监督管理，组织协调水利有关部门和单位依照其职责分工开展安全生产工作，负责厅直属单位安全生产监管，组织或参与重大水利安全事故的调查处理；指导、协调全区水利工程的安全管理工作；组织开展水利工程建设项目的稽察工作。
（十一）自治区防汛抗旱指挥部办公室（自治区防汛抗旱信息办公室）。
承担自治区防汛抗旱指挥部的日常工作事务，履行指挥部授权的组织、协调、监督、指导全区防汛抗旱工作的职责。编制自治区防汛抗旱应急预案并组织实施，组织、指导编制各种防御洪水方案、防洪抗旱调度方案和应急水量调度方案并监督实施；负责全区水旱灾害和防汛抗洪抢险、防御台风、抗旱情报工作，拟定、监督执行防灾减灾应急处置措施；负责自治区防汛抗旱物资的储备管理和防汛抗旱经费使用计划的安排。指导和组织协调全区防汛调度指挥的现代化系统建设和运行。
机关党委 负责厅机关和在邕直属单位的党群工作。
离退休人员工作处 负责机关离退休人员工作，指导直属单位的离退休人员工作。
