中国药科大学
中科院上海药物所
中国医学科学院药物所
沈阳药科大学
上海有机所
以及各个省的医学院
①如果你要是考中国药科大学（南京），沈阳药科大学之类就是向药学研究方面发展，那里是专业的药科大学，适合专向培养，像沈阳药科大学就是2005年全国高校制药工程专业排名第一的学校，当然这些学校的缺点就是除了“药”可能什么都没有；
②制药工程毕竟是工科，你也可以考天津大学，华东理工大学这两所，他们是在制药工程作为工科方面突出的高校，如果你想成为工程师一类，而不是整日在研究实验室中，你可以选择以上两所；
③如果你想获得充实的研究生时光，你还可以选择浙江大学，四川大学，山东大学，他们是在制药方面做的很突出的综合类大学，毕竟综合类大学各种专业都有，可以接触到多元的文化，而这些是药科大学和工科学校所不容易体味到的，所以他们也是不错的选择；
④大学学制药并不等于研究生也要学，像化学类的专业也是你可以考的，毕竟大部分的化学专业学制药的学生也都学了，只是学的不深刻罢了，所以你也可以考些化学类的研究生，当然前提是你的化学不错；
⑤再或者，也有一些研究生转型的成功者，如果你厌倦了制药，你也可以考些经济管理之类的研究生，当然这可能更不容易，以为你需要自学许多其他的课程，当然现在社会需要很多复合型的人才，如果你既懂制药又懂管理，相信能找到相当高薪的工作，当然这样的付出是超人的；
⑥最后保守点，毕竟考研是不容易的，要量力而行，以上提到的高校都是在研究生培养的佼佼者，如果你的学习一般，也可以选择一些层次低一点的高校，或者根据你的生活地区选择一些较近的学校，一般的药类院校只要有研究生院的都可以考，毕竟学校有地域性，非名校可能就在当地好找工作，出了这地就没什么用人单位知道这学校了，当然也不排除你的水平很高，那这里我冒昧了，你可以考中国科学院，虽然不是大学，但中国科学院是培养研究生的，毕竟那是中国科学的最高等级，当然难考也是不言而喻的，祝你成功！
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参考资料：
http://www.hlju.edu.cn/jbzyyy/index/ShowArticle.asp?ArticleID=59 我就是学药的,药这方面最火的是药化和药剂,中大具体课程我不知道,但考药物方面的研究声一般不考数学,换成大综合,也就是只考三科,也有的是考两门专业课,如果你感觉自己化学还可以的话可以试试,因为毕竟刚大三么.
导师的话我这一般是初试成绩出来以后(我的马上就要出来了,好紧张啊)觉得查部多再联系,当然如果早些时候有时间也可以去的,找研究生也可以啊,毕竟MM容易说话的呵呵.想考的话化学一定要学好啊,(去他们官方找要看哪些参考书.)
不过我多说一句药物方面一向是沈药和中国药科大,以及协和为首的
再有什么可以给我发消息
祝你好运