同济大学土木工程学院的本科专业设置丰富多样，主要包括港口航道与海岸工程、地质工程以及土木工程。这些专业为学生们提供了扎实的基础教育和专业知识。
在硕士点和博士点的学科门类上，学院拥有强大的科研实力。一级学科包括土木工程，其下设的二级学科有岩土工程，自1981年11月开始授予硕士学位，博士学位则在1984年1月获得。结构工程也在同年获得硕士学位和博士学位授权。防灾减灾工程及防护工程和桥梁与隧道工程分别在1981年和1986年取得硕士学位授权，而土木工程施工、土木工程计算机仿真、隧道及地下建筑工程、风工程等专业在2003年12月获得博士学位授权。
此外，学院还涵盖了地质资源与地质工程，地质工程作为一级学科在2003年7月获得了硕士学位和博士学位。水利工程方面，水文学及水资源和水工结构工程在2001年1月开始授予硕士学位，港口、海岸及近海工程则在2003年7月加入这一领域。
同济大学土木工程学院是国内同类专业中教学和研究实力最强的学院之一，目前院内设有建筑工程系、地下建筑与工程系、桥梁工程系、测量与国土信息工程系、结构工程与防灾研究所和水利工程系六个系所，另外还有土木工程防灾国家重点实验室。