2017年修订的《宗教事务条例》第三条规定：“宗教事务管理坚持保护合法、制止非法、遏制极端、抵御渗透、打击犯罪的原则。”这一原则是对宪法关于宗教信仰自由原则的具体化，既体现了对宗教信仰自由的保护，也体现了对宗教事务的依法管理。
处理宗教问题的基本原则
关于“保护合法”。宗教信仰自由是宪法赋予公民的一项基本权利。要保护信教群众的合法权益，也要保护不信教群众的合法权益。
“保护合法”就要依法保护宗教团体和宗教活动场所的合法权益，保护宗教教职人员正常的教务活动，保护信教群众正常的宗教活动。
“保护合法”的另一个重要方面是保护公民不信仰宗教的权利。保护公民不信仰宗教的权利，与保护公民信仰宗教的权利。