已取得施工许可证，但其中一个单体由3层变到5层，最终实际建筑面积超出施工许可证及规划许可证2000多平方米，规划部门已进行了处罚，现在质监站说超出施工许可证面积不能给进行验收，必须把超的面积补证，又去施工许可证发证的建工科，说工程已经完工，无法再从新办理施工许可证，2个部门出现了矛盾，竣工验收不知道如何往下进行了，求大神指教！