含牙囊肿起源于牙齿发育过程中，由正常的牙滤泡演变而来。当釉质器的星形网层发生囊肿样改变，导致牙滤泡周围的液体渗入牙冠和上皮之间，这种情况在年轻患者中较为常见。相比之下，下颌骨比上颌骨更容易出现这种囊肿。
尽管牙周囊肿和含牙囊肿生长速度较慢，但它们会逐渐增大，对上颌窦造成压力，可能导致骨质变薄和移位，甚至侵入上颌窦。严重时，囊肿的扩张可能导致面颊、口腔前庭、硬腭和牙槽突隆起，甚至影响眼球位置，引发鼻塞。在无感染的情况下，局部可能无明显疼痛症状。
诊断牙周囊肿或含牙囊肿通常依据牙科检查、上颌窦穿刺和X光片（包括鼻窦平片和囊腔内注射对比剂）的结果。如果发现面颊部或口腔前庭有肿胀，医生可以通过触诊感知一个表面光滑、弹性如乒乓球或破蛋壳的肿块。
牙周囊肿更多见于年龄较大者，可能是单发或多发，尤其常见于侧切牙的根部。囊肿内的物质通常是稀薄透明的，有的呈姜黄色或酱色，含有胆固醇。含牙囊肿则更倾向于发生在年轻人群中，以单发为主，常见于切牙和上颌第三磨牙，也可能包含额外的牙齿。囊肿内部的液体清亮，呈黑褐色或褐色，同样含有胆固醇。在X光片上，牙周囊肿会显示病牙根部突入囊腔，而含牙囊肿的影像则可见囊肿内有单个或多个牙齿或牙冠，它们的位置并不固定，牙冠会直接突入囊腔内。
包括牙周囊肿及含牙囊肿（peridentalcystanddentigerouscyst）。此病多见于年龄较大的病人。由于牙根发生感染及损伤后，根尖肉芽肿发生囊样变而来，侧切牙最多见。囊肿内覆鳞状上皮组织，病牙根尖突入囊肿腔内。