(1)杀灭或去除外环境中除细菌芽孢以外的各种病原微生物的过程称为消毒。这里所说的"外环境"最初仅指无生命的物体表面，目前一般认为，除包括液体、气体和固体外，也包括有生命机体的体表和表浅体腔，这里所说的。病原微生物"，包括除细菌芽孢以外的各种致病性微生物，例如：细菌繁殖体、真菌、病毒、立克次体、衣原体等。消毒并不要求杀灭或去除污染物体的全部病原微生物，而是使其减少到不至于引起疾病的数量。一般来说，在医用器材和医疗环境的消毒中，若能使人工污染的微生物在消毒过程中的存活概率减少到10-3，则认为是可靠的，换句话说，通过消毒处理后，杀灭或去除了原有微生物的99．9％，亦就达到了消毒要求。若用消毒对象上污染的自然微生物的杀灭率来评定消毒效果，一般以杀灭或清除率达到90％为合格。
(2)灭菌是杀灭或除去外环境中一切微生物的过程。这里所说的一切微生物包括一切致病性微生物，亦包括细菌芽孢、真菌孢子，但不包括原虫及寄生虫的卵。灭菌是个绝对的概念，为完全杀死或除掉外环境中的一切微生物，然而事实上要达到这样的程度是不可能的，因此目前国际上规定，灭菌过程必须使物品污染的微生物存活概率减少到10-6，换句话说，若对100万件物品进行灭菌处理，灭菌后最多只容许有一件物品中仍有存活的微生物。