基本没有危害，对人体有危害的是氯气，自从二氧化氯取代氯气成为第一消毒药之后，对人体的危害几乎没有。
氯气在水中可以以游离态的氯分子形式存在，但是氯分子可以与水中的有机物发生反应，并生成对人体有害的物质，这种物质对人体的短期没有大的影响，但是随着在人体中的积累，它可以对人体的各方面的性能产生影响，甚至可以诱发癌症。
当深入认识到了氯气的危害时，世界环保联盟提出了全面禁止使用氯气，并在全世界各地逐渐的普及以二氧化氯为消毒剂的建议。
从消毒效果和副作用综合比较，二氧化氯是目前化学消毒剂中最优秀的的消毒剂，但不能说是无毒的绿色消毒剂，有个学术术语叫实际无毒性，是在消毒剂或添加剂一定使用量下的毒性分级，按毒性轻重分为：无毒，实际无毒，低毒，中等毒，剧毒，极毒几个级别。二氧化氯按这种方式可以划分为实际无毒级。
二氧化氯作为为消毒剂和新型食品添加剂对人体没有危害。
二氧化氯是目前国际上公认的最新一代的高效、广谱、安全的杀菌、保鲜剂，是氯制剂最理想的替代品，在世界发达国家已得到广泛的应用。美国、西欧、加拿大、日本等发达国家的有关组织如美国环境保护局、食品药品管理局、美国农业部均批准和推荐二氧化氯用于食品、食品加工、制药、医院、公共环境等的消毒、防霉和食品的防腐保鲜等。
世界卫生组织（WHO）和世界粮食组织(FAO)也已将二氧化氯列为A1级安全高效消毒剂。为控制饮水中“三致物质”（致癌、致畸、致突变）的产生，欧美发达国家已广泛应用二氧化氯替代氯气进行饮用水的消毒。
我国应用二氧化氯消毒技术始于八十年代，并重视二氧化氯产品的推广和应用。国家化工部颁布了有关的行业标准，国家卫生部已批准二氧化氯为消毒剂和新型食品添加剂。1987年，广东省卫生监督部门批准其可以用于食品消毒、保鲜及食品设备、用具消毒。
1990年上海卫生管理部门批准其可以用于水处理、食品加工以及水产养殖、除臭等。我国卫生部也在2000年前明确提出，逐步用二氧化氯替代氯气进行饮用水的消毒。二氧化氯也被列为预防非典的重要的含氯消毒剂。
二氧化氯对人体基本是无危害的。二氧化氯是目前国际上公认的新一代广谱杀菌剂、漂白剂和除藻剂，在世界发达国家中已得到广泛应用，被世界卫生组织(WHO)列为A1级安全消毒剂。
氯本来有腐蚀性有毒性，但是溶于水后，会被氧化破坏（强氧化性）并被挥发掉，不会有任何残留。
一般情况下，二氧化氯在常温下是一种黄色的气体，气味也是非常具有刺激性的。基本特性主要就是：沸点为11℃，比重为2.4。在冷却到-40℃以下的 时候，会出现化学反应，变成深红色的液体；如果气温在继续降低，温度低至-59℃，就 会成为橙黄色固体。在自然界中 ，主要是以单体游离基形式存在的一种极少的化合物。
二氧化氯的化学性质还体现在，它是一种易溶于水，但是又不和水发生化学反应的一种化合物，在水中的溶解度比氯高很多倍。二氧化氯的气体在溶于水之后会形成一种黄绿色的溶液，这种溶解的气体将留在溶液中，它的保存条件就是要在阴凉且避光处，而且对外界环境的要求是十分稳定的，之后会在光线照射下发生化学反应。
在冷却循环水杀菌处理方面，相对于氯而言，二氧化氯是一种高效杀菌剂，其杀菌能力比氯强，杀菌作用比氯快，且剩余剂量的药性持续时间长，特别是在采用碱性水处理剂配方和含较高氨气或有机物时，用二氧化氯作冷却循环水的杀菌剂更有效、更经济、更环保。此外，二氧化氯还能消除水的腐臭味，分解菌体残骸，控制粘土生长。
同时，作为第四代消毒剂，二氧化氯被世界卫生组织(WHO)列为A1级安全消毒剂。由于二氧化氯具上述优点，它正逐渐取代或补充工业上传统的氯气灭菌法，成为最具有应用前景的工业循环水的新一代灭菌、除藻剂，广泛应用于电厂、石油、石化等行业。
二氧化氯对人体没有危害，是国际上公认为安全、无毒的绿色消毒剂。二氧化氯具有强氧化性，空气中的体积浓度超过10%便有爆炸性，但其水溶液却是十分安全的（水中含量超过30%易爆炸）。它能与许多化学物质发生爆炸性反应，对受热、震动、撞击、摩擦等相当敏感，极易分解发生爆炸。
二氧化氯属无毒型消毒剂，一般使用浓度较小，可直接用于水果、蔬菜、肉类的杀菌、保鲜。将水果、蔬菜在二氧化氯溶液中浸泡片刻，即能杀死微生物又不与脂肪酸反应，不破坏蔬菜的纤维组织并对果蔬的味道、营养无任何损害，且无需再用清水清洗。
在流通领域中，有些不宜水洗的果蔬，可用固体的二氧化氯与果蔬一起装入包装箱，可长时间缓慢放出二氧化氯，既灭菌，又可达到保鲜作用。
经二氧化氯溶液浸泡的鱼、鸡、禽类，不仅可消除腥臭味，还可有效控制微生物生长，延长储藏期，并能保持鲜美的口味。用二氧化氯处理禽蛋，保鲜效果亦良好，且不影响蛋的孵化。