工厂拒绝环境保护检查人员现场检查时行政处罚的流程分以下六个步骤：
1、由两名以上具有行政执法资格的环境行政执法人员实施，并出示执法身份证件；
2、通知排污者的负责人或者受委托人到场，当场告知实施查封、扣押的依据以及依法享有的权利、救济途径，并听取其陈述和申辩；
3、制作现场笔录，必要时可以进行现场拍摄。现场笔录的内容应当包括查封、扣押实施的起止时间和地点等；
4、当场清点并制作查封、扣押设施、设备清单，由排污者和环境保护主管部门分别收执。委托第三人保管的，应同时交第三人收执。执法人员可以对上述过程进行现场拍摄；
5、现场笔录和查封、扣押设施、设备清单由排污者和执法人员签名或者盖章；
6、张贴封条或者采取其他方式，明示环境保护主管部门已实施查封、扣押。
环境保护部发布的《环境保护主管部门实施查封、扣押办法》（以下简称《办法》），已于2015年1月1日起实施。《办法》界定了环境保护主管部门实施查封、扣押的适用情形及具体对象，全面规定了调查取证、审批、决定、执行、送达、实施期限、保管、解除、移送以及检查监督等实施程序。