根据上述职责，市交通运输局设9个职能处室和离退休干部处。
（一）办公室（挂市交通战备办公室牌子）
组织协调局机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、档案、安全、保密、信息、督查、后勤管理服务、政府信息公开和市政府市民服务热线办公室转办事项的办理等工作；负责机关综合性文稿的起草工作；负责相关人大代表建议、政协委员提案的办理工作。
（二）政策法规处
组织起草交通运输地方性法规、规章草案；拟订有关交通运输政策；负责相关规范性文件的合法性审核工作；承担相关交通运输行政执法的组织协调和监督工作；承办相关行政复议和行政应诉工作；负责普法宣传教育和信访工作；监督和指导行业有关体制改革工作。
（三）组织人事处
负责机关和所属单位组织人事、机构编制等工作；指导交通运输行业人才队伍建设。
（四）发展规划处
组织编制全市综合运输体系规划，承担相关协调工作；拟订交通运输行业规划、计划并组织实施；参与拟订现代物流业发展战略和规划；负责综合分析、预测行业经济运行情况，引导行业优化结构、协调发展；承担有关环境保护、利用外资、行业统计工作；负责交通基本建设项目的规划、立项工作。
（五）财务审计处
负责编制交通运输系统年度财务计划；承担交通专项资金、预决算、政府采购有关工作；指导所属单位财务和国有资产管理工作；负责本系统的内部审计工作；会同有关部门拟订城市公共客运价格和服务收费标准；监督指导公路通行费征收工作；承担行业投融资的有关工作。
（六）城市客运管理处
参与拟订城市客运发展规划、计划并监督实施；负责城市客运相关设施建设的监管工作；负责城市客运的运营管理工作；负责城市客运特许经营权授予和对特许经营者的监管；负责城市客运相关事项的协调指导工作。
（七）建设管理处
负责公路、水路建设市场监督管理；拟订公路、水路工程建设的相关制度并监督实施，组织协调公路、水路有关工程建设和工程质量监督管理工作；承担公路、水路工程设计的监督管理、施工许可、竣工验收工作；负责交通工程建设项目招投标活动的行政监督；负责全市国道、省道及其附属设施的建设、养护和管理；监督和指导全市农村公路工程建设、养护、管理工作；负责公路路政管理和公路建设项目施工相关事项的审批工作。
（八）科技处
拟订交通运输行业科技政策并监督实施；组织行业科技开发，推动技术进步；组织协调有关重大科研项目研究；承担有关标准、质量和计量工作；指导公路、水路、城市客运行业节能减排工作；承担相关信息化建设工作；指导交通运输行业教育培训工作；负责驾驶员培训机构经营许可。
（九）安全监督处
拟订公路、水路、城市客运安全生产政策、办法和应急预案并监督实施；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担有关公路、水路运输企业和城市客运企业安全生产监管工作，组织或参与处理有关事故调查工作；指导公路、水路工程建设和维护的安全生产工作。
（十）离退休干部处
负责机关离退休人员的管理服务工作，指导所属单位离退休人员的管理服务工作。
