南京建筑工程学院的历史可以追溯到1915年，当时名为同济医工学堂，附设机师科。经过数次更名和改建，1917年发展为同济医工学校，附设机师科，随后在1923年进一步演变为同济大学，附设高级职业学校。
1935年，同济大学的附属高级职业学校更名为同济大学(附设高级工业职业学校)，并在1950年进一步更名为同济高级工业学校。土木科的部分发展在1953年成为南京建筑工程学校，这标志着学校在土木工程领域的专业布局确立。
同年，同济高级工业学校的机械科参与合并，组建了南京机器制造学校，后来发展为南京机械专科学校，最终与南京工程学院合并。与此同时，同济高级工业学校在1953年正式撤销。1953年，咸阳机器工业学校的土木营造科并入南京建筑工业学校，加强了其在建筑领域的教育资源。
南京建筑工程学校的历程在1980年迎来重大转折，升格为南京建筑工程学院，显示出其在高等教育领域的提升。然而，1981年部分资源复校，成立了南京建筑工程学校，这所学校后来发展成为江苏城市职业学院和江苏省广播电视大学。
最后，在2001年，南京建筑工程学院经历了撤销的过程，并参与合并，共同构建了今天的南京工业大学，这段历史见证了其从单一的工科学校到综合性大学的演变与发展。
南京建筑工程学院是国家建设部直属的一所以土木建筑工程为主的多科性高等院校，座落在古都南京市中心。学院的前身同济医工学堂机师科始建于1915年，1933年改建为同济高工。在漫长的办学岁月中，几度易名，几番迁址。1951年迁南京现址。同济高工后被分拆为两所学校，以建筑科为基础后发展成为南京建筑工程学院，以机械科为基础后发展成为南京工程学院。1980年5月，经国务院批准正式定名为南京建筑工程学院。2001年学校与南京化工大学合并组建南京工业大学。