非法改变土地性质罪的立案标准是：占用基本农田五亩以上的；基本农田以外的耕地十亩以上；占用保护林地或者特殊用途林地数量单一或者五亩以上占用其他农用地数量较大的，改变占用土地用途，造成耕地、林地等农用地大量损坏的，公安机关应当立案。
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第六十七条
违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，造成耕地、林地等农用地大量毁坏，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上的；
（二）非法占用防护林地或者特种用途林地数量单种或者合计五亩以上的；
（三）非法占用其他林地十亩以上的；
（四）非法占用本款第（二）项、第（三）项规定的林地，其中一项数量达到相应规定的数量标准的百分之五十以上，且两项数量合计达到该项规定的数量标准的；
（五）非法占用其他农用地数量较大的情形。