中国科大的优势学科主要是理科、新兴工科和金融，下面简单罗列
理科主要包括：物理、数学、化学、生物、天文、地球（理科宽基础，所以不列方向啦）
工科主要包括：量子工程、核技术、新兴材料、机器人、超级计算机、软件、微电子、多媒体
管理主要包括：金融（原数学系分出）和管理工程（国家重点学科）
在描述中国科大的优势学科前，需要先了解一下国家实验室和国家大科学工程
国家实验室是nation lab，要比国家重点实验室牛了一个数量级。我国已建成的国家实验室共4个，高校仅一个既科大的同步辐射国家实验室。国务院正式批复在建的有6个，其中3个在高校，科大占了1.5，分别是巨牛的合肥微尺度国家实验室和共建的稳态强磁场
一、就理学而言，科大在的物理、数学、化学、生物、天文、地球都是非常强的，既有学科传统，又有牛人传承。
1、物理
可供选择的专业太多了，有最具明星相的国家实验室合肥微尺度国家实验室撑腰。单说量子信息、量子计算、量子通讯学科吧，在世界上都是leader级的，成果迭出，让国外傻眼。超导在世界上也巨牛，去年的超导研究成果就入选世界十大科学进展。纳米也是不得了，发表的论文超过加州大学佰克利分校，位列全球高校第三。
科大的院士就属物理的院士最多，一低头，不小心就撞着物理院士了。
培养的人才也贼牛，少年班的伊尹，小小年纪，就在哈佛扬名立万，搞的是超弦理论，该理论目的是统一自然界的物理。科大本校也是有不少人研究这个东西。
2、化学（理）与材料（工）
也是超强啊，科大的老校长朱清时和现任校长侯建国两位院士都是搞化学的，都是40出头就当选院士，侯院士曾在原子上写出中国两字，此外化学老院士还有好几位，基本上主要专业都有院士领衔。
新兴材料也牛得不行啊，特别是纳米材料论文世界高校第三，超导材料制备，《科学》和《自然》大作迭出，还入选世界年度十大科技进展。原材料和机械材料属于传统工科，该校没有相关专业，此所谓新兴工科。
3、数学
科大早期的数学当然是中国高校最牛的了，有华罗庚、吴文俊（第一届国家最高科学技术奖得主，和杂交水稻之父两人一起领奖，干到退休，仍在发挥余热）、冯康，今年的最高科学技术奖得主数学家谷超豪是上上任科大校长。但90年代后数学显弱，最近几年开始恢复。新世纪该校数学出了个超牛新人叫沈维孝，在国内数学界算是把天都给牛黑了，但该兄今年刚去了新加坡，如果大家在科大学数学的动力系统相关课程，倒是有可能听到他的课。
4、生物
科大的生物规模比较小，但每个专业在国内都是前几名，最重要的是许多生物系统都是“微尺度”的，生物研究同样有合肥微尺度国家实验室支撑，科大一些生物实验室就放在国家实验室里。
科大的蛋白质学科研究是国家重大科学研究项目，这个学科肯定是很牛的。科大没有医学院，对生物的拖累挺大。
科大生物系培养了一批牛本，都在国外发迹了。如果你来科大，恰巧听到他们的讲座也很正常，出国有牛师兄牛师姐罩着也不意外。庄小威女，30出头就是哈佛终身教授，研究成果就已经候选若贝尔奖。
5、天文
科大天文不清楚是不是国内高校最强的，但科大是中科院的独苗，与国家天文台、上海天文台、南京天文台关系非同一般。科大和国家天文台从今年开始共同培养天文方面的人才，科大和上海南京的天文台共建我国最大的天文望远镜。国家天文台去年还申请国际小行星组织给一个小行星冠名为中国科大星。
6、地学
这个就不说了，是中国高校公认第一的学科。每次南极科考和北极科考差不多都有科大的教授和学生同行，可能是粘了中科院独苗的光吧。
二、工学中的新兴学科是科大的优势
1、量子工程（合肥微尺度国家实验室撑腰）
量子信息、量子通讯、量子计算或将全面替代电子信息、电子通讯、电子计算，科大在这三个领域核心独步全球，是我国改革开放后在战略科技领域建树的突出典型。
2、核技术（同步辐射国家实验室撑腰）
科大去年刚建了核科学和技术学院，依托的是在科大的同步辐射国家实验室（我国第一个国家实验室）和合肥科学岛上的托克马克装置（我国的“小太阳”，国际大太阳ITER原型之一），代表了我国在核科技领域的国家实力。学院由科大和中科院合肥等离子所（托克马克建设单位）共建，院长万元熙院士是我国托克马克装置的研发负责人。我国09年参与ITER国际项目的9个专项首席科学家中有6个来自科大和等离子所。
3、材料
见化学（理）和材料（工），略
4、超级计算机、微电子、软件
不为外人所知的是，科大在计算机体系结构和超级计算机这块也是极强。08年，科大老师研制出了完全中国化的万亿次计算机，该款超级计算机的芯片是科大学子为主的中科院龙芯团队制造。
而龙芯的“原型机”是竟然是龙芯主创人员在科大读书时的设计的原型机（似乎有点夸张），其实早在60年代，中国的第三台计算机也是第一台并行（记得不清楚了）计算机就是科大老师们开发的，我国第一个国家计算机中心就建在科大。我国的第一个占领国际市场的芯片也是科大学子为主开发的，该芯片领军人09年当选中国最年轻的工程院院士。
科大在软件领域也非常强悍，上市公司科大讯飞就是科大的语音实验室的市场化杰作，是我国真正掌握核心技术的软件，其语音识别和语音合成技术甚至领先国际巨头。
科大计算机相关领域的科教规模不大，但盛育杰出人才，这些人正是我国IT核心竞争力组成的中流砥柱。
5、机器人
科大的机器人在国内高校里更是牛的不行，机器人世界杯里参加的单项不是第一就是第二，只是科大低调，又远离媒体中心，辉煌国际战绩不大为国人所知。2007年苏州之所以能承办机器人世界杯，除了苏州自身经济优势外，主要是得益于中国科大及其苏州有研究院帮助苏州协办世界杯，由此可见科大机器人在世界机器人竞技舞台的地位。
2009年科大展示了世界上最聪明的机器人“可佳”，不仅能听会说，还能求解复杂难题。
机器人开发涉及多个专业，力学、控制、微电子、软件、语音很多啦
6、多媒体
这个不是特别了解，但科大有个联合多媒体实验室，出了不少成果，牛得很，关键是科大有很多海外多媒体牛人，在国内能碰到他们的客串指导，到国外又有他们罩着引路，呵呵。
三、管理（优势的似乎只有金融）
科大的管理学科和别的兄弟学科整体上相比，差了一截，大部分单项相比也是差了一截。但金融是个例外。科大的管理学院的金融是从数学系里分出来，竞争力可想而知，主要是因为金融虽是管理方向，但技术手段基本是厉害的数学。大家都知道“投资组合”这个名词，它就是科大金融的老师首先给翻译出来的，其实金融领域的不少妇孺皆知名词都是科大老师给捣腾出来的，但科大低调，不卖弄，没人知道。
科大培养的搞金融的同学都出国了，据说华尔街有500名科大金融人，许多人陆续回国或创业或被国家招安了，09年的时候好几位金融牛人就在学校、北京做了好几场校友报告。刚被招安的有我国“首席投资官”。
科大的管理工程也很强，还有一个国家创新基金项目，好像全国管理学科的创新**项目才了了几个
以上信息仅供参考，虽然有调侃的成分，但基本属实。
参考资料：http://sobar.soso.com/sobar.q?op=entertopic&tid=64011056&fl=2#f2