.引爆摩天楼(1997)
讲述了一个绝对对称完美主义的建筑师利用频频发生的爆炸案对柯南发起的极限挑战的故事。是一部制作得极其精良的作品，从故事情节上来说，并不是一个简单的杀人事件，而更像是美版的“虎胆龙威”以及“007”系列的综合版。在频频发生的爆炸案要求柯南必须在瞬间做出果断的抉择，同时还要时刻警惕罪犯向下一个目标发起攻击，此外柯南还必须发挥他的超级推理能力，将隐身于幕后的黑手绳之以法。全剧的推理性并不强，凶手几乎是显而易见的，它的胜利在于惊心动魄高潮迭荡的故事情节和气势宏大又充满真实感的火爆场景，当然新一和小兰之间的真情流露也是另一个不容忽视的卖点。剧中制作人员非常注重场景的真实性的表现的。高耸入云的米花大厦，气势恢宏的铁路大桥以及复古风格的儿童公园都显得是那样的美丽真实，给人一种身临其境之感。而频频出现的逼真爆破场面，更是锦上添花。而结尾处，那根连系着新一和小兰的拯救世人命运的红线触动了多少人的心啊！
2.第十四个目标(1998)
讲述了一个因交通意外而失去味觉的调酒师所展开的疯狂报复的故事，此剧秉承了《柯南》系列一贯的作风：变态的犯罪策划者，惊险的爆破场面，以及接连发生的凶杀案。唯一的例外是加入了小兰的父亲毛利小五郎和分居的妻子妃英理的感情纠葛戏。华丽的布景可以说是它最大的卖点，特别是故事的高潮发生地——宏伟而神秘的海上饭店，在制作场景时，制作人员将东京以台场为中心的沿海街区真实的再现于动画中，加之以此真实地点为原型的而构造的海中摩天大厦，效果可以说是异常的浪漫动人。再加上那首由日本著名乐队ZARD演唱并被公认为《柯南》所有剧场版里最动听的主题曲——《仿佛回到少女时代》，以及结尾处小兰和柯南的“意外之吻”,令这部电影火爆上线!
3.世纪末的魔术师(1999)
柯南最强的对手－－“怪盗KID”再次登场，这次是窃取一颗俄国罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“复活节之卵”。同时,小兰也开始怀疑柯南与新一的关系，名侦探——江户川柯南，终于要面对他生平最大的危机，也是史上最难解的谜团！透过彩蛋，可以看到俄国沙皇尼古拉二世的全家福，很感人的画面。
而这彩蛋也引来了杀身之祸。
在制作此剧时，工作人员为了贯彻柯南系列所特有的那种写实场景风格，拍摄了大量的实景照片，取景地点从大阪到横须贺，范围大到豪华客轮小到民宿民宅，连步美所住的那栋豪华住宅，就是取景于青山刚昌本人所居住的高级住宅楼。本片中的登场人物非常之多，几乎柯南系列中的所有人物都出现了，尤其是怪偷KID常常变装，在众人的眼皮下以多种形象出现，但因为故事情节的巧妙编排，所以看起来并无杂乱无章之感，反而显得更加的跌宕起伏，曲折动人。
4.瞳孔中的暗杀者(2000)
很有悬念的一部。剧中小兰身处案发现场，由于种种原因而失忆了。但是因为连续杀人犯在开枪时，被小兰看到了他的模样，而小兰即遭到了随时被狙击的命运！同时这件杀人案又有可能牵连警察内部，平时值得信任的刑警也被当作了嫌犯。为了唤起小兰的记忆最好的方法就是让他见到新一，但是……柯南又要如何化解这次的危机！究竟犯人是谁？会是普通小喽喽，或是为居高阶级的警察官！？柯南即将面临史上又一次最大危机！！这次的高潮部分发生在新一变小的那个游乐场，这次柯南又要一显他特工般的滑板工夫了……
5.通往天国的倒计时(2001)
该剧场景取材开始于永乐町的东京宝冢剧场正在兴建的工地为题材.电梯的缆线断裂的爆破场面、配电室的破坏所引发的停电、切换自己发电等等……壮观场面为创作构想是第5弹的重点。剧场屋顶、观众席上方的兴建工程，地下停车场…等等都是取景的所在地。 这次少年探侦团的戏份很多唷，少年侦探队的大活跃呢!黑暗组织也隆重登场，当然啦，反派就是黑暗组织。请大家拭目以待 。
青山老师将会在原作配合第五弹电影剧情，再次让黑暗组织出场，再让电影剧情衔接。这是继青山老师在漫画中让KID下战帖，帮忙为「世纪末的魔术师」下伏笔之后，第二次帮电影衔接剧情。
终于那些家伙全员出动，看不见出口的杀人游戏，现在，终于开始…… 危险的陷阱让时间陷入停止。 那些黑衣人的背后拥有凶恶的阴谋，这些家伙目的到底为何？？ 以地面上300公尺的摩天大楼为死亡舞台，魔鬼般的手正在暗处悄悄伸向柯南……
6.贝克街的亡灵(2002)强烈推荐的说
东京·米花市·米花市政大楼，这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏「茧」的发表会。结合了最先进技术的「茧」，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过计算机的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了「茧」。另一方面，「茧」的研发者兼负责人—坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称「诺亚方舟」的人工智能(由泽田弘树制造)闯入「茧」的计算机系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：「在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。」开始了一场失控的游戏……
少数知道柯南身份，同时也是工藤新一的父亲，世界名推理作家—工藤优作也是这场发表会的特别来宾。优作负责监修「茧」游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出坚村遭到杀害的原因，但关于柯南一行人，他只能在控制室看着他们的表现。柯南一行人必须在「茧」所设定重现的19世纪伦敦贝克街，同时也是福尔摩斯留下无数传说之地，挑战一连串的考验。一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！
本剧中，小兰与灰原都有为柯南牺牲的表现！！！！！！！！！
7.迷宫的十字路口(2003)
在东京有个“西国立市”神社，那里有三名可疑男子在密谈。突然有个戴着老翁面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此事件同时，大阪，京都也相继发生了杀人事件。
根据搜查的结果，警视厅发布，被杀的5人都是往返东京•大阪•京都三大城市盗窃著名佛像和美术品的盗窃集团成员。他们似乎是以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。是对盗窃集团怀恨之人所为吗？还是内部分裂而杀人呢？警视厅对犯罪动机也没有掌握有力的线索…… 一方面，小五郎带着柯南，兰，园子到访京都。在由绪的寺院——山王寺的住持告诉他们，8年前国宝级的佛像被盗走了，委托他们解读可以判断佛像藏匿地点的迷样的画像。
柯南从佛像被盗的事情怀疑是盗窃集团所为，事件开始向破解的方向进展。但很快，在他到达义经•弁庆的传说流传的make by whyarmy历史遗迹——最著名的京都五条大桥开始追寻时，有个手持竹刀的男人突然来袭！ 在京都的五条大桥上，高个男子弁庆挥起长刺刀，牛若丸刀直劈而下！在栏杆上瞬间闪过的柯南惊奇的看到那个男子！那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探-服部平次。平次是知道柯南的真实身份就是工藤新一的少数几人之一。他也是为了追寻在大阪发生的盗窃集团成员被杀事件的真相到了京都。总是在较劲的柯南与平次这次为了查出事件的真相而戮力合作。
但是，两人身边有个戴着老翁面具的黑影男人！ 在绵密交织的京都十字路口上，隐藏于历史暗影中的谜团与陷阱向柯南等人袭来！棘手案件与敏锐推理，友情与恋爱……还有全明星队伍的声优阵容！而且柯南的身体终于……？！
8.银翼的魔术师(2004)
一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！
当然，那个新一绝不是真的。但是，要证明那个新一是假的的话，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白这一点，很大胆的想和小兰在一起。这时，在树里任主角的舞台上上演了《约瑟夫王妃》的一幕。被柯南看出真实身份的基德，如何盗走这蓝色的宝石呢！？然后，对柯南他们更大的考验是？
飞机上的危险一个接着一个，柯南他们究竟如何脱险？
9.水平线上的阴谋(2005)
除了故事本身的不同，第九部剧场版的制作相当出彩，由于故事的场景设定在一艘豪华游轮上，这就为画面的表现提供了很大的发挥空间，制作以后的效果也确实配得上这样的背景，甚至影片上映前就有宣传拿“泰坦尼克号”来相比了，虽说有些夸大，但未尝不是一个方面。实际比较柯南历次剧场版以后，可以发现本片的场面还算是比较的恢宏夺目，理应属于九部剧场版之中的上乘之制作。可以说这是一部仿效好莱坞电影豪华场面的动画片，特别是结尾惊心动魄的场景设置，声画视听完全是一幅动作片的手法，那么不仅仅只局限于柯南迷们，所有喜欢动画片的观众，似乎都适合看一看这部电影。当然，对于柯南迷们而言，本片应该没有让他们失望，但是也没有什么新鲜的味道，只是华丽场面的增加而已。PS：毛利小五郎这次可是有勇有谋、文武双全。
15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。
时间回到15年后的现在，地点是日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下分属八代造成业的设计师八代英人，开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。
镜头转到正在太平洋上航行的豪华客轮阿弗萝蒂特号上，这是根据希腊神话中爱与美的女神阿弗萝蒂特的名字命名的。柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，参加这首船的处女航。理所当然，这么受到瞩目的豪华客轮，参加处女航的都是些政界、社交界的绅士名媛。
然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了园子，正在众人欢欣鼓舞的时候，却发生了杀人案件。被害者正是这次处女航的主办人，八代客轮的社长八代贵江，她是半个月以前车祸身亡的八代英人的妻子，紧接着八代财团的董事长，贵江的父亲八代延太郎也从船上神秘消失……
获悉此事的目暮警官带着一群警察上船来搜查，同时出动了东京海上保安厅的人对海上进行搜查，陆地上也有警视厅的人在八代英人出事的地点进行再搜查。与此同时，理所当然地我们的小主人公柯南也展开了他最擅长的推理。而这次包括乘客和船上工作人员，总共有600名嫌疑人。于是柯南、毛利小五郎以及警方分别展开了各自的调查，与此同时，犯人也正展开他巨大的阴谋。
为了不影响乘客的情绪，船上的晚宴仍然如期举办。在柯南的努力下，真相即将被揭发时却突然发生了重大意外——油轮的机房发生了大爆炸！犯人更在整艘油轮的主要机房内都安置了炸弹，整个船身不停摇晃，让船员和乘客都惊恐万分，全船600条人命，就悬于疯狂的犯人一念之间。
置身于无处可逃的大海上，引起了极大的恐慌和混乱，人们陷入了极度的不安中。更糟糕的是，这次连小兰也被卷入了危险里面——当然，本片的结果，依旧是正义战胜邪恶，柯南用他名侦探的推理救出了小兰，不过出人意料的是，这次掌握事件关键的，却是新一和小兰超越了时间的羁绊。
10.侦探们的安魂曲（侦探们的镇魂歌）(2006)
在《周刊少年Sunday》上极受好评正在连载中的青山刚昌原作《名侦探柯南》迎来了连载的第12个年头，漫画更是刷新了Sunday漫画系列中最高的1 亿本的超级记录。作为在读卖电视台、日本电视台的动漫系列中热播的动画，2006年1月虽迎来了放映10周年纪念，但其前进的步伐并未停止。
剧场版观众突破2000万人。渐渐地，纪念电影放映10周年的作品也开始制作了。系列集大成之作的第10部作品《侦探们的安魂曲》已定于2006年4月全面公开。
接受谜样男子的委托，小五郎和柯南一行人前往横滨。但是，却中了那名男子的圈套，兰和少年侦探团被扣为人质。男子限时12小时。该期间内若不能解开被委托的事件的真相，兰等人便会被炸弹炸成碎片。更令人吃惊的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新一！
11.绀碧之棺 （深蓝色的海盗旗）（2007）
在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。
“神海岛”流传这两个传说，一个是沉入海底的古代遗迹“海底宫殿”，它是沉入神秘岛海域的巨大岩石建筑群，虽然研究者纷至沓来，但始终没有人能解开“海底宫殿”的秘密，另一个传说是300年前活跃在加勒比海的2名女海盗“安妮·邦尼”和“玛莉·雷德”遗留下来的财宝，据说她们乘坐的海盗船遭到英国海军的攻击时，只有她们2人勇敢的战斗。随着调查的深入，迷一般的文字“Jolly Roger”浮出水面，宝藏的秘密近在眼前。然后要接近真相总要经历磨难，柯南他们找到的一部分财宝被谜一样的宝物猎人抢走了，而宝藏猎人的魔手也伸向了兰和园子，他们的目的究竟是什么？隐藏在传说中的真相是什么？隐藏在海底宫殿中的秘密又是什么？超越300年的暗号，柯南一一解明。
12.战栗的乐谱（战栗的总谱）(2008)
戦栗の楽谱近日，发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。
可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑的事件。
而在音乐会当天，柯南和女高音秋庭被袭,飘流在河流中,兰等人所在的音乐会场，突然发生了大爆炸。众人被包围在火海中，河中的柯南和秋庭唱出了准确的音调,顺利向警察求助,柯南等人在音乐会场外心急如焚,音乐会场内的所有人却因为音乐馆的隔音效果不知道任何危险的靠近……
室外，23根柱子被炸！
最后，进入了音乐会场的柯南找出了凶手，柯南和会场内的所有人命悬一线。千钧一发之际，灰原用元太的竖笛吹出：36664（MI LA LA LA FA），被柯南猜出是狙击（shoot)，佐藤从另一个地方开枪，凶手手中的遥控器掉落,被高木抓获。调音师说出了杀人的理由，和钢琴家解除了误会。
等小兰他们要走时，发现柯南不见了。喷泉处传来一阵小提琴的声音，小兰听出是新一在演奏，便追了过去。结果却看到柯南拿着小提琴，说新一已经走了。故事在美丽的乐曲与月光下的兰和柯南中结束。
13.漆黑的追迹者(2009)
(未上映)
剧场版搬出了久违的“黑暗组织”，上一次出现是第5部《天国的倒计时》。今次的故事剧情主要讲述以东京为中心，发生了6件大范围的连续杀人事件。并且每个死者临死前都说了一句：“七夕，节日……”随后就死去。除了目暮警官、其他各县的刑警们，还有小五郎都参加了搜查会议。在机缘巧合之下，柯南偶然发现从会议场溜出的一位刑警乘上了一辆跑车。柯南瞬间愕然，“那辆车…。难道，是琴酒的！”这毫无疑问是“黑暗组织”中的一人乔装打扮进入会议场地，然后乘坐琴酒的跑车逃走。连续杀人事件的凶手毫无疑问是“黑暗组织”的人。故事在此刻一触即发!如果工藤新一还活着的事被琴知道了，不仅是新一，和他有关联的柯南和其朋友们也会被抹杀掉。知道事情的极度严重性后，柯南开始了单独搜查。
14.迷雾中的狙击手(2010)(未上映 初步定名)
参考资料：我自己